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Enregistrement W2886102814 · doi:10.1038/s41525-018-0063-6

Two different STAT1 gain-of-function mutations lead to diverse IFN-γ-mediated gene expression

2018· article· en· W2886102814 sur OpenAlexafffund
Adi Ovadia, Nigel Sharfe, Cynthia Hawkins, Suzanne Laughlin, Chaim M. Roifman

Notice bibliographique

Revuenpj Genomic Medicine · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmunodeficiency and Autoimmune Disorders
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesImmunodeficiency CanadaJeffrey Modell Foundation
Mots-clésGeneFunction (biology)Lead (geology)Gain of functionGeneticsGene expressionBiologyExpression (computer science)MutationComputational biologyComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Signal transducer and activator of transcription 1 (STAT1) regulates multiple biological processes downstream of a variety of cytokine receptors in many cell types. Heterozygous gain-of-function (GOF) mutations in STAT1 have been associated with a diverse phenotype encompassing chronic mucocutaneous candidiasis (CMCC) and declining immunity. There is no clear correlation between STAT1 domain-specific mutations and phenotype, and it remains unclear why GOF mutations in STAT1 result in such a wide spectrum of clinical presentations. To begin exploring this dilemma, we have studied the patterns of gene expression mediated by two different GOF mutations. Analysis of IFN-γ response elements using RNA microarrays in cells transfected with the rare H629Y mutant or the common R274G mutant showed distinct patterns of gene expression. We show here that the impact of GOF mutations in STAT1 is variant-specific. This difference in gene expression may explain the diversity in clinical manifestations experienced by these patients.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,096
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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