Abstract 4699: Identification of novel potential biomarkers of response to sunitinib in glioblastoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: Glioblastoma multiforme (GBM) is the most advanced and aggressive form of primary malignant brain tumors in adults. O6-Methylguanine methyltransferase (MGMT) is a DNA repair protein well known for its role in resistance to temozolomide used in standard treatment of patients newly diagnosed with GBM. Sunitinib is an oral multitargeting receptor tyrosine kinase (RTK) inhibitor with antiangiogenic and antiproliferative activities targeting several RTKs. Our group has previously shown the role of MGMT as a negative regulator of angiogenesis and invasion and the differential antiproliferative effect of sunitinib based on expression of MGMT in GBM. Recent gene expression profiling (GEP) studies showed that besides its effects on RTKs, sunitinib affects the expression level of other genes at the transcriptional level in different cancer types. We hypothesized that: (i) the mechanism of action of sunitinib may not be limited to direct inhibition of its known targets (RTKs) in GBM and (ii) expression of MGMT may affect response of GBM tumor cells to sunitinib. We performed GEP analysis to identify genes that could be potentially modulated in response to sunitinib in GBM cell lines isogenic for MGMT. Empty vector (EV)-transfected T98/EV cells with constitutive expression of MGMT and its knockdown counterpart T98/MGMT-shRNA were treated with sunitinib or vehicle control. Treatment of T98/EV and T98/MGMT-shRNA cell lines with sunitinib significantly changed the expression of over 2,000 gene transcripts (analysis performed at Genome Quebec Innovation center, McGill University). Lists of significant genes were fitted into previously known biochemical pathways, available among the canonical pathways from various databases provided by ConsensusPathDB (CPDB). Strikingly, immune system was among the top significantly enriched pathways (p-value<10-3), with some immune pathways not previously reported for response to sunitinib. Conclusion: Our study opens new avenues to further understand the mechanisms of action of sunitinib, investigate its immunomodulatory effects, and identify biomarkers for selection of patients who might benefit from the combination of antiangiogenic and immunebased strategies in GBM. Funding Acknowledgment: Cancer Research Society Operating Grant Competition #22716, and Higher Education Quality Enhancement Project (HEQEP)- Window -4 (Grant Id. CP-4023), University Grant Commission (UGC), Bangladesh. Citation Format: Abu Shadat Mohammod Noman, Bassam Abdulkarim, Siham Sabri. Identification of novel potential biomarkers of response to sunitinib in glioblastoma [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2018; 2018 Apr 14-18; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2018;78(13 Suppl):Abstract nr 4699.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».