Phenotypic and molecular analysis of nontypeable Group B streptococci: identification of <i>cps2a</i> and hybrid <i>cps2a/cps5</i> Group B streptococcal capsule gene clusters
Notice bibliographique
Résumé
The Group B streptococcus (GBS) can express a capsular polysaccharide (CPS). There are ten recognized CPSs (Ia, Ib, and II-IX). A GBS isolate is considered nontypeable (NT) when CPS cannot be identified as one of ten types. Two groups of GBS NT isolates were studied, isolates without surface sialic acid (sia(-)) and isolates with surface sialic acid (sia(+)). The first objective was to characterize NT sia(-) isolates that failed CPS identification by an immunodiffusion antisera typing assay and a RT-PCR capsule typing assay. NT sia(-) isolates were characterized by assaying phenotypic changes and identifying covR/S mutations that may potentially have a role in the altered phenotypes. The second objective was to characterize NT sia(+) isolates that failed to identify as one of the ten CPS types by an immundiffusion antisera-based typing assay and a RT-PCR capsule typing assay yet expressed capsule. Fifteen NT sia(-) isolates displayed increased β hemolysis/orange pigmentation, decreased CAMP activity, inability to form biofilm, and susceptibility to phagocytosis by human blood. DNA sequence analysis of the covR/S genes in the sia(-) isolates found mutations in 14 of 15 isolates assayed. These mutations in the covR/S genes may potentially contribute to lack of expression of phenotypic traits assayed in vitro. For the three NT sia(+) isolates, whole-genome sequence analyses identified two isolates with cps gene clusters identical to the recently described and uncommon CPSIIa type. The third isolate possessed a hybrid cluster containing cps genes for both CPSIIa and CPSV suggesting recombination between these two gene clusters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».