Fully automated and integrated multiplex detection of high consequence livestock viral genomes on a microfluidic platform
Notice bibliographique
Résumé
Differential diagnosis of diseases that share common clinical signs typically requires the performance of multiple independent diagnostic tests to confirm diagnosis. Diagnostic tests that can detect and discriminate between multiple differential pathogens in a single reaction may expedite, reduce costs, and streamline the diagnostic testing workflow. Livestock haemorrhagic diseases like classical swine fever (CSF), African swine fever (ASF), and vesicular diseases, such as foot-and-mouth disease (FMD), vesicular stomatitis (VS), and swine vesicular disease (SVD) can have an enormous impact on the livestock industry and economy of countries that were previously free of the diseases. Thus, rapid diagnosis of these diseases is critical for disease control. Here, we describe the development and initial laboratory validation of a novel fully automated user-developed assay for simultaneous detection and differentiation of multiple viruses of veterinary importance in a single reaction with minimal user-intervention. The user only performs sample loading, placement of consumables and reagents, selection and initiation of assay while all other processes (i.e., nucleic acid extraction, multiplex RT-PCR, reverse dot blot detection and result reporting) are performed fully automated. The current assay has a turn-around time of approximately 6 hr and can simultaneously process up to 24 samples. The automated assay accurately and specifically detected 37 laboratory amplified strains of the five target viruses, including all seven serotypes of FMD virus, three genotypes of CSF virus, and two serotypes of VS virus. The assay also detected targeted viruses in a variety of clinical samples collected from infected animals, such as oral fluid, oral swab, nasal swab, whole blood, serum, as well as tonsil, spleen, kidney, and ileum. No cross-reactivity was observed with 15 nontarget viruses that affect livestock and samples from clinically healthy animals. To our knowledge, this is the first fully automated and integrated assay for simultaneous detection of multiple high consequence veterinary pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».