A genome-wide analysis of SWEET gene family in cotton and their expressions under different stresses
Notice bibliographique
Résumé
The SWEET (Sugars will eventually be exported transporters) gene family plays multiple roles in plant physiological activities and development process. It participates in reproductive development and in the process of sugar transport and absorption, plant senescence and stress responses and plant-pathogen interaction. However, thecomprehensive analysis of SWEET genes has not been reported in cotton. In this study, we identified 22, 31, 55 and 60 SWEET genes from the sequenced genomes of Gossypium arboreum , G. raimondii, G. hirsutum and G. barbadense , respectively. Phylogenetic tree analysis showed that the SWEET genes could be divided into four groups, which were further classified into 14 sub-clades. Further analysis of chromosomal location, synteny analysis and gene duplication suggested that the orthologs showed a good collinearity and segmental duplication events played a crucial role in the expansion of the family in cotton. Specific MtN3_slv domains were highly conserved between Arabidopsis and cotton by exon-intron organization and motif analysis. In addition, the expression pattern in different tissues indicated that the duplicated genes in cotton might have acquired new functions as a result of sub-functionalization or neo-functionalization. The expression pattern of SWEET genes showed that the different genes were induced by diverse stresses. The identification and functional analysis of SWEET genes in cotton may provide more candidate genes for genetic modification. SWEET genes were classified into four clades in cotton. The expression patterns suggested that the duplicated genes might have experienced a functional divergence. This work provides insights into the evolution of SWEET genes and more candidates for specific genetic modification, which will be useful in future research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».