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Enregistrement W2886820514 · doi:10.1093/infdis/jiy495

Microbial Translocation Does Not Drive Immune Activation in Ugandan Children Infected With HIV

2018· article· en· W2886820514 sur OpenAlexaff
Felicity Fitzgerald, Édouard Lhomme, Kathryn Harris, Julia Kenny, Ronan Doyle, Cissy Kityo, Liam P. Shaw, George Abongomera, Victor Musiime, Adrian Cook, Julianne R. Brown, Anthony G. Brooks, Ellen Owen-Powell, Andrew J. Prendergast, A Sarah Walker, Rodolphe Thiébaut, Nigel Klein, Chifumbe Chintu, Veronica Mulenga, Desiree Kabamba, Dorothy Kavindele, Chishala Chabala, Musaku Mwenechanya, Monica Kapasa, Caroline Zulu, Mox Kalumbi, Elias Chambula, Joyce Lungu, Marjory N Liusha, Dorothy Zangata, Dorica Masuka, Shadreck Chanshi, Terence Chipoya, Semy Zulu, Daniel Chola, Betty Chanda, Steven Malama, Chama Chama, Sylvia Mulambo, Mpala Mwanza, Rebecca Asiimwe, J Vicent Tukei, Violet Korutaro, Justine Komunyena, Isaac Sebuliba, Muzamil Kisekka, Carolyn Nansubuga, N Justine Mpanga, Moses Matovu, Charles Okello, Gladys Namutebi, E Glorius Tumuheirirwe, Immaculate Nagawa, Sarah Nakimera, Geoffrey Onen, Fatuma Kabasita, Fred Sunday, Dick Isabirye, Cissy Kityo, Grace Mirembe, Elizabeth Kaudha, Amos Drasiku, Bernard Bainomuhwezi, Priscilla Wavamunno, Florence Odongo, Constance Lukowe, Winnie Namala, Daniel Sseremba, Alison Balaba, Alice Kwaga, Joshua Kayiwa, Matthew Odera, Paul Oronon, Edith Bagurukira, Phyllis Mwesigwa, Philip Apugulu, Lincoln Mugarura, Eram David Williams, Denis Odoch, Immaculate Nankya, Emmanuel Ndashimyeeva, Eva Nabulime, James Abach, Willy Agings Odong, B Arach, Irene Claren Aciro, J Omongin, Geoffrey Amone, Peter Okello, A Philliam, Edward Otim, P Kidega, Emmanuel Achol, Innocent Mwape, Joshua Zulu, Gabriel Chipili, Linda Chibesa, Diana M Gibb, Margaret J. Thomason, Alex Ferrier, David Baptiste, Charlotte Male, Brendan Murphy, Moira Spyer, Julia Kenny, David Burger, Quirine Fillekes, Angela Colbers, Helen McIlleron, Elwyn Chomba, José A. Ramos, Zainab Akol, Peter Elyanu, Harriet Nakimuli

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Infectious Diseases · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueHIV Research and Treatment
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesEuropean and Developing Countries Clinical Trials PartnershipMedical Research CouncilNational Institute for Health and Care ResearchWellcome Trust
Mots-clésInterquartile rangeMedicineImmune reconstitution inflammatory syndromeImmune systemHuman immunodeficiency virus (HIV)ImmunologyAntiretroviral therapyViral loadInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Objective: Immune activation is associated with morbidity and mortality during human immunodeficiency virus (HIV) infection, despite receipt of antiretroviral therapy (ART). We investigated whether microbial translocation drives immune activation in HIV-infected Ugandan children. Methods: Nineteen markers of immune activation and inflammation were measured over 96 weeks in HIV-infected Ugandan children in the CHAPAS-3 Trial and HIV-uninfected age-matched controls. Microbial translocation was assessed using molecular techniques, including next-generation sequencing. Results: Of 249 children included, 142 were infected with HIV; of these, 120 were ART naive, with a median age of 2.8 years (interquartile range [IQR], 1.7-4.0 years) and a median baseline CD4+ T-cell percentage of 20% (IQR, 14%-24%), and 22 were ART experienced, with a median age of 6.5 years (IQR, 5.9-9.2 years) and a median baseline CD4+ T-cell percentage of 35% (IQR, 31%-39%). The control group comprised 107 children without HIV infection. The median increase in the CD4+ T-cell percentage was 17 percentage points (IQR, 12-22 percentage points) at week 96 among ART-naive children, and the viral load was <100 copies/mL in 76% of ART-naive children and 91% of ART-experienced children. Immune activation decreased with ART use. Children could be divided on the basis of immune activation markers into the following 3 clusters: in cluster 1, the majority of children were HIV uninfected; cluster 2 comprised a mix of HIV-uninfected children and HIV-infected ART-naive or ART-experienced children; and in cluster 3, the majority were ART naive. Immune activation was low in cluster 1, decreased in cluster 3, and persisted in cluster 2. Blood microbial DNA levels were negative or very low across groups, with no difference between clusters except for Enterobacteriaceae organisms (the level was higher in cluster 1; P < .0001). Conclusion: Immune activation decreased with ART use, with marker clustering indicating different activation patterns according to HIV and ART status. Levels of bacterial DNA in blood were low regardless of HIV status, ART status, and immune activation status. Microbial translocation did not drive immune activation in this setting. Clinical Trials Registration: ISRCTN69078957.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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