Identification of Competing Endogenous RNA Regulatory Networks in Vitamin A Deficiency-Induced Congenital Scoliosis by Transcriptome Sequencing Analysis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND/AIMS: Congenital scoliosis (CS) is a result of anomalous development of vertebrae and is frequently associated with somitogenesis malformation. Although noncoding RNAs (ncRNAs) have been recently determined to be involved in the pathogenesis of CS, the competing endogenous RNA (ceRNA) regulatory networks in CS remain largely unknown. METHODS: Sequencing was conducted to explore the ncRNA expression profiles in rat embryos (gestation day 9) following vitamin A deficiency (VAD) (n = 9 for the vitamin A deficiency-induced congenital scoliosis (VAD-CS) group and n = 4 for the control group). Real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) was conducted to verify the expression levels of selected mRNAs, long noncoding RNAs (lncRNAs), circular RNAs (circRNAs), and microRNAs (miRNAs). Bioinformatics analysis was used to discover the possible relationships and functions of the ceRNAs. RESULTS: A total of 749 mRNAs, 56 miRNAs, 685 lncRNAs, and 70 circRNAs were identified to have significantly different expression levels in the two groups. Wnt, PI3K-ATK, FoxO, EGFR, and mTOR were found to be the most significant pathways involved in VAD-CS pathogenesis. The circRNA/miRNA/mRNA and lncRNA/miRNA/mRNA networks of CS were built, and the gene expression mechanisms regulated by ncRNAs were unveiled via the ceRNA regulatory networks. CONCLUSION: We comprehensively identified ceRNA regulatory networks of embryonic somite development in VAD-CS as well as revealed the contribution of different ncRNA expression profiles. Our data demonstrate the association between mRNAs and ncRNAs in the pathogenic mechanism of CS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».