Genomic and Metabolic Studies of Two Candidate Phyla of Bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Candidate phyla (or candidate divisions) are deeply rooted groups of Bacteria or Archaea that currently lack cultivated representatives. By combining traditional enrichment and cultivation practices with modern metagenomic based techniques, this work describes two candidate phyla more thoroughly than could have been produced by focusing on one aspect alone. Members of the candidate phylum OP11 were enriched from two geographically distinct geothermal springs: one from Ngatamariki, Waikato, New Zealand and the other from Lakelse, B.C., Canada. The organisms were grown under thermophilic and anaerobic conditions, using cellulose as the sole substrate. Stable isotope probing was also used to confirm carbon flow from cellulose to OP11 in both sites. Continued studies on the Canadian spring demonstrated that the OP11 organism was possibly utilizing H2 and a degradation byproduct of cellulose under fermentative conditions as its energy source. Additionally, this work provides evidence for symbiosis between the OP11 and a member of the Chloroflexi phylum; a result that has not been demonstrated previously. Metagenomic analysis of the two organisms further described the relationship, where the Chloroflexi was likely acting as the primary cellulolytic organism, and OP11 was consuming degradation byproducts. Additionally, a natural FeSO4 spring site, located in Kootenay National Park, B.C., Canada was also studied for the prevalence of the WPS-2 candidate phylum. The work includes an environmental survey using 16S rRNA gene based community analysis to demonstrate the candidate phylum’s distribution throughout the site. High-throughput metagenomic sequencing and microfluidic cell sorting coupled with whole genome sequencing were used to create a genomic reconstruction of a member of the WPS-2 candidate phylum. This represents the first genomic reconstruction from this group of organisms. Through this work, substantial progress was made in further describing several deeply rooted, uncultured groups of bacteria. It presents a thorough exploration of these largely unstudied organisms, and presents a discussion on combining modern metagenomics based techniques with more traditional tools of environmental microbiology in order to describe currently uncultivated organisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».