Transcriptome analysis of adult Caenorhabditis elegans cells reveals tissue-specific gene and isoform expression
Notice bibliographique
Résumé
The biology and behavior of adults differ substantially from those of developing animals, and cell-specific information is critical for deciphering the biology of multicellular animals.Thus, adult tissue-specific transcriptomic data are critical for understanding molecular mechanisms that control their phenotypes.We used adult cell-specific isolation to identify the transcriptomes of C. elegans' four major tissues (or "tissue-ome"), identifying ubiquitously expressed and tissue-specific "enriched" genes.These data newly reveal the hypodermis' metabolic character, suggest potential worm-human tissue orthologies, and identify tissuespecific changes in the Insulin/IGF-1 signaling pathway.Tissue-specific alternative splicing analysis identified a large set of collagen isoforms.Finally, we developed a machine learning-based prediction tool for 76 sub-tissue cell types, which we used to predict cellular expression differences in IIS/FOXO signaling, stage-specific TGF-β activity, and basal vs. memory-induced CREB transcription.Together, these data provide a rich resource for understanding the biology governing multicellular adult animals. Author summaryC. elegans is the simplest multi-cellular model system, with only 959 somatic cells in the fully-developed adult.This work describes the isolation and RNA-seq analysis of the worm's major adult tissues.Previously, the isolation of adult tissues has been hampered by the worm's tough outer cuticle, but identification of the transcriptomes of adult tissues is necessary to understand the biology of adults, which differs substantially from that of embryonic and larval cells.We recently developed a method to isolate and RNA-sequence adult tissues, and applied it here to characterize the muscle, neuron, intestine, and epidermis adult transcriptomes and isoform profiles.The data reveal interesting new characteristics for adult tissues, particularly the hypodermis' metabolic function, which we have functionally tested.The tissue transcriptomes were also used to identify relevant human
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».