Abstract 4401: Integrated genomic and functional microRNA analysis identifies miR-30-5p as a tumor suppressor and novel therapeutic nanomedicine in head and neck cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We have developed an integrative approach to elucidate the functional role of deregulated microRNAs (miRs) and identify candidates for miR replacement therapy in cancer, applied here to head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC). Our method involves integration of results from TCGA and other validation databases of genetic and expression data, including: miR expression, mRNA expression, copy number variation, DNA methylation. This data is then intersected with functional in vitro genome-wide miR screening for anti-proliferative miR mimics. We report that the miR-30-5p family is commonly repressed and correlates with overexpression of a broad network of proliferative and metastasis-related oncogenic mRNAs, including the growth receptors EGFR, MET and IGF1R. We show that re-expression of miR-30a-5p repressed this gene program, downstream signaling, proliferation, migration, and invasion in vitro. We have developed a chemically modified mimic of miR-30-5p with 50x improved stability in human serum, and 5X improvement in IC50 in vitro by XTT assay. We have formulated our novel miR-30a-5p mimic into Transferrin Receptor targeted nanoparticles which strongly inhibited HNSCC xenograft tumor growth, and regulated miR-30-5p family targets in vivo. Together with data linking decreased miR-30 family expression with DNA copy loss and promoter hypermethylation, and clinical disease-specific survival, for the first time, we have reported a more global picture of the function of this important tumor suppressor and identified a subset of patients that may benefit from miR replacement therapy with our novel miR-30-5p based nanomedicine. This research was supported by NIDCD intramural projects ZIA-DC-000073, 74, and NCI grant U43CA22156701. Citation Format: Anthony D. Saleh, Robert F. Place, Hui Cheng, Rita Das, Thomas M. Harris, Geoffrey Childs, Gordon A. Robertson, Kathleen F. Pirollo, Esther H. Chang, Zhong Chen, Carter Van Waes. Integrated genomic and functional microRNA analysis identifies miR-30-5p as a tumor suppressor and novel therapeutic nanomedicine in head and neck cancer [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2018; 2018 Apr 14-18; Chicago, IL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2018;78(13 Suppl):Abstract nr 4401.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».