Characterizing Microsatellite Instability and Chromosome Instability in Interval Colorectal Cancers
Notice bibliographique
Résumé
There are a substantial portion of colorectal cancers (CRCs), termed interval CRCs (I-CRCs), that are diagnosed shortly after a negative colonoscopy (i.e., no detectable polyps or CRC) and before recommended follow-up screening. The underlying cause(s) accounting for I-CRCs remain poorly understood, but may involve aberrant biology that drives genome instability. Genetic defects inducing genome instability are pathogenic events that lead to the development and progression of traditional sporadic (Sp-) CRCs. Classically, there are two genome instability pathways that give rise to virtually all Sp-CRCs, chromosome instability (CIN; ~85% of Sp-CRCs) and microsatellite instability (MSI; ~15% of Sp-CRCs); however, the contribution MSI and CIN have in I-CRCs is only beginning to emerge. To date, no study has simultaneously evaluated both MSI and CIN within an I-CRC cohort, and thus we sought to determine and compare the prevalence of MSI and/or CIN within population-based I-CRC and matched Sp-CRC cohorts. MSI status was established using a clinically validated, immunohistochemical approach that assessed the presence or absence of four proteins (MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2) implicated in MSI. By combining the MSI results of the current study with those of our previous CIN study, we provide unprecedented insight into the prevalence of MSI and/or CIN between and within Sp- and I-CRCs. Our data show that MSI+ tumors are 1.5-times more prevalent within I-CRCs than Sp-CRCs in a population-based setting and further show that CIN+/MSI+ I-CRCs occur at similar frequency as CIN+/MSI+ Sp-CRCs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».