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Enregistrement W2887859751 · doi:10.3390/microorganisms6030088

The Protean Acremonium. A. sclerotigenum/egyptiacum: Revision, Food Contaminant, and Human Disease

2018· article· en· W2887859751 sur OpenAlexaff
Richard C. Summerbell, Cécile Gueidan, Josep Guarro, Akif Eşkalen, P.W. Crous, Aditya K. Gupta, Josepa Gené, J. Cano, Arien van Iperen, M. Starink, James A. Scott

Notice bibliographique

RevueMicroorganisms · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Pathogens and Fungal Diseases
Établissements canadiensMediprobe Research (Canada)Public Health OntarioMuscular Dystrophy CanadaUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyAcremoniumEndophyteInternal transcribed spacerHuman pathogenMicrobiologyZoologyBotanyRibosomal RNAGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Acremonium is known to be regularly isolated from food and also to be a cause of human disease. Herein, we resolve some sources of confusion that have strongly hampered the accurate interpretation of these and other isolations. The recently designated type species of the genus Acremonium, A. alternatum, is known only from a single isolate, but it is the closest known relative of what may be one of the planet’s most successful organisms, Acremonium sclerotigenum/egyptianum, shown herein to be best called by its earliest valid name, A. egyptiacum. The sequencing of ribosomal internal transcribed spacer (ITS) regions, actin genes, or both for 72 study isolates within this group allowed the full range of morphotypes and ITS barcode types to be elucidated, along with information on temperature tolerance and habitat. The results showed that nomenclatural confusion and frequent misidentifications facilitated by morphotaxonomy, along with misidentified early sequence deposits, have obscured the reality that this species is, in many ways, the definitive match of the historical concept of Acremonium: a pale orange or dull greenish-coloured monophialidic hyphomycete, forming cylindrical, ellipsoidal, or obovoid conidia in sticky heads or obovoid conidia in dry chains, and acting ecologically as a soil organism, marine organism, plant pathogen, plant endophyte, probable insect pathogen, human opportunistic pathogen, food contaminant, probable dermatological communicable disease agent, and heat-tolerant spoilage organism. Industrially, it is already in exploratory use as a producer of the antibiotic ascofuranone, active against trypanosomes, cryptosporidia, and microsporidia, and additional applications are in development. The genus-level clarification of the phylogeny of A. egyptiacum shows other historic acremonia belong to separate genera, and two are here described, Parasarocladium for the Acremonium radiatum complex and Kiflimonium for the Acremonium curvulum complex.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0040,002
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,227
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations49
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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