Genomic epidemiology of meticillin-resistant Staphylococcus aureus ST22 widespread in communities of the Gaza Strip, 2009
Notice bibliographique
Résumé
Background Remarkably high carriage prevalence of a community-associated meticillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strain of sequence type (ST) 22 in the Gaza strip was reported in 2012. This strain is linked to the pandemic hospital-associated EMRSA-15. The origin and evolutionary history of ST22 in Gaza communities and the genomic elements contributing to its widespread predominance are unknown. Methods: We generated high-quality draft genomes of 61 ST22 isolates from Gaza communities and, along with 175 ST22 genomes from global sources, reconstructed the ST22 phylogeny and examined genotypes unique to the Gaza isolates. Results: The Gaza isolates do not exhibit a close relationship with hospital-associated ST22 isolates, but rather with a basal population from which EMRSA-15 emerged. There were two separate resistance acquisitions by the same MSSA lineage, followed by diversification of other genetic determinants. Nearly all isolates in the two distinct clades, one characterised by staphylococcal cassette chromosome mec (SCC mec) IVa and the other by SCC mec V and MSSA isolates, contain the toxic shock syndrome toxin-1 gene. Discussion: The genomic diversity of Gaza ST22 isolates is not consistent with recent emergence in the region. The results indicate that two divergent Gaza clones evolved separately from susceptible isolates. Researchers should not assume that isolates identified as ST22 in the community are examples of EMRSA-15 that have escaped their healthcare roots. Future surveillance of MRSA is essential to the understanding of ST22 evolutionary dynamics and to aid efforts to slow the further spread of this lineage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».