MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2888034354 · doi:10.1093/annonc/mdy263

A framework to rank genomic alterations as targets for cancer precision medicine: the ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets (ESCAT)

2018· article· en· W2888034354 sur OpenAlexaff
Joaquı́n Mateo, Debyani Chakravarty, Rodrigo Dienstmann, S. Jezdic, Abel González-Pérez, Núria López-Bigas, Charlotte K.Y. Ng, Philippe L. Bédard, Giampaolo Tortora, J.-Y. Douillard, Eliezer M. Van Allen, Nikolaus Schultz, Charles Swanton, Lajos Pusztai

Notice bibliographique

RevueAnnals of Oncology · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer Centre
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilStand Up To CancerNational Cancer InstituteServierEuropean Society for Medical OncologyCRUK Lung Cancer Centre of ExcellenceRosetrees TrustNational Institute for Health and Care ResearchUniversity College LondonWellcome TrustCancer Research UKAstraZenecaInvitaeSyndax PharmaceuticalsBiomedical Research CouncilFrancis Crick InstituteGenentechSeattle GeneticsNational Institute on Handicapped ResearchPTC TherapeuticsNovartisCelgeneSanofiWellcomeRocheMerckGlaxoSmithKlineUniversity College London Hospitals NHS Foundation TrustProstate Cancer FoundationAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbPfizerBreast Cancer Research FoundationBoehringer Ingelheim
Mots-clésMedicinePrecision medicineScale (ratio)CancerComputational biologyRank (graph theory)OncologyBioinformaticsMedical physicsInternal medicinePathologyCartographyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: In order to facilitate implementation of precision medicine in clinical management of cancer, there is a need to harmonise and standardise the reporting and interpretation of clinically relevant genomics data. Methods: The European Society for Medical Oncology (ESMO) Translational Research and Precision Medicine Working Group (TR and PM WG) launched a collaborative project to propose a classification system for molecular aberrations based on the evidence available supporting their value as clinical targets. A group of experts from several institutions was assembled to review available evidence, reach a consensus on grading criteria and present a classification system. This was then reviewed, amended and finally approved by the ESMO TR and PM WG and the ESMO leadership. Results: This first version of the ESMO Scale of Clinical Actionability for molecular Targets (ESCAT) defines six levels of clinical evidence for molecular targets according to the implications for patient management: tier I, targets ready for implementation in routine clinical decisions; tier II, investigational targets that likely define a patient population that benefits from a targeted drug but additional data are needed; tier III, clinical benefit previously demonstrated in other tumour types or for similar molecular targets; tier IV, preclinical evidence of actionability; tier V, evidence supporting co-targeting approaches; and tier X, lack of evidence for actionability. Conclusions: The ESCAT defines clinical evidence-based criteria to prioritise genomic alterations as markers to select patients for targeted therapies. This classification system aims to offer a common language for all the relevant stakeholders in cancer medicine and drug development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,114
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,139
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,114
Score d'incertitude au seuil0,601

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1140,139
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0050,009
Bibliométrie0,0280,011
Études des sciences et des technologies0,0040,009
Communication savante0,0160,008
Science ouverte0,0070,011
Intégrité de la recherche0,0060,010
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,070
Tête enseignante GPT0,464
Écart entre enseignants0,394 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations787
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueAnnals of OncologyMême sujetCancer Genomics and DiagnosticsTravaux en français237 207