Genome-wide identification, evolution, and expression analysis of the <i>KT/HAK/KUP</i> family in pear
Notice bibliographique
Résumé
The K + transporter/high-affinity K + /K + uptake (KT/HAK/KUP) family, as one of the largest K + transporter families in higher plants, plays an essential role in plant growth, mineral element absorption, salt stress tolerance, and other physiological processes. However, little is known about this family in pear (Pyrus). Here, we identified 20 K + transporter genes in pear (P. bretschneideri) using genome-wide analysis. Their gene structure, chromosomal distribution, conserved motifs, phylogenetics, duplication events, and expression patterns were also examined. The results of phylogenetic analysis showed that PbrKT/HAK/KUP genes were clustered into three major groups (Groups I–III). Among the 20 PbrKT/HAK/KUP genes, 18 were mapped to nine chromosomes and two to scaffolds. Four WGD/segmental gene pairs were identified, indicating that WGD/segmental duplication may have contributed to the expansion of the KT/HAK/KUP family in pear. Among the four pairs of WGD/segmentally duplicated genes, both members of three pairs had been subjected to purifying selection, whereas the fourth pair had been subjected to positive selection. Furthermore, phenotypic experiments showed that the growth of pear seedlings was affected by potassium deficiency treatment. Expression patterns of 20 PbrKT/HAK/KUP genes in roots were further assayed with qRT-PCR. PbrHAK1 and PbrHAK12/16 were significantly expressed in response to K + deficiency, suggesting that these genes are crucial for K + uptake in pear, especially under the condition of K + starvation. Our results provide a foundation for further study on the function of KT/HAK/KUP genes in pear.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».