Comparative and phylogenetic analyses of 26 Magnoliaceae species based on complete chloroplast genome sequences
Notice bibliographique
Résumé
Magnoliaceae is a family of dicotyledonous plants with primitive flowers and is one of the oldest families of flowering plants. In this paper, the chloroplast genomes of 26 species of Magnoliaceae were contrasted and compared to help clarify the relationships among them. The size of the 26 Magnoliaceae chloroplast genomes ranged from 158 177 bp to 160 183 bp, and approximately 1298 simple-sequence repeats were detected. For long-repeat sequences, 197 repeat loci, including 144 forward repeats, 52 palindromic repeats, and 1 reverse repeat, were detected. In four species, an abnormal gene, rpl22, contained premature stop codons. Moreover, three noncoding regions (ccsA-ndhD, ndhD-psaC, and trnH-psbA) with a nucleotide diversity (Pi) value greater than 0.02 and six coding genes (ycf1, petL, matK, psbT, rps19, and ndhF) with a Pi value of no less than 0.008 were identified (this information is important in resolving relationships within the Magnolia genus). The maximum likelihood (ML) and Bayesian inference (BI) trees had the same topological structures, with high support rates among 20 species, i.e., excluding Magnolia dealbata, Magnolia pyramidata, Magnolia dandyi, Magnolia aromatica, Magnolia conifera, and Magnolia glaucifolia. On the whole, these data represent valuable resources for Magnoliaceae chloroplast genomics and will be useful in future phylogenetic studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».