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Enregistrement W2889724688 · doi:10.1038/s41436-018-0269-0

Expanding the clinical phenotype of individuals with a 3-bp in-frame deletion of the NF1 gene (c.2970_2972del): an update of genotype–phenotype correlation

2018· article· en· W2889724688 sur OpenAlexaff
Magdalena Koczkowska, Tom Callens, Alicia Gomes, Angela Sharp, Yunjia Chen, Alesha D. Hicks, Arthur S. Aylsworth, Amedeo A. Azizi, Donald Basel, Gary A. Bellus, Lynne M. Bird, Maria Blazo, Leah W. Burke, Ashley Cannon, Felicity Collins, Colette DeFilippo, Ellen Denayer, M. Cristina Digilio, Shelley K. Dills, Laura Dosa, Robert Greenwood, Cristin Griffis, Punita Gupta, Rachel K. Hachen, Concepción Hernández-Chico, Sandra Janssens, Kristi Jones, Justin T. Jordan, Pekka Kannus, Bruce R. Korf, Andrea M. Lewis, Robert Listernick, Fortunato Lonardo, Maurice J. Mahoney, Mayra Martinez Ojeda, Marie McDonald, Carey McDougall, Nancy J. Mendelsohn, David T. Miller, Mari Mori, Rianne Oostenbrink, Sébastien Perreault, Mary Ella Pierpont, Carmelo Piscopo, Dinel Pond, Linda M. Randolph, Katherine A. Rauen, Surya P. Rednam, S. Lane Rutledge, Veronica Saletti, G. Bradley Schaefer, Elizabeth K. Schorry, Daryl A. Scott, Andrea Shugar, Elizabeth Siqveland, Lois J. Starr, Ashraf Syed, Pamela Trapane, Nicole J. Ullrich, Emily Wakefield, Laurence E. Walsh, Michael F. Wangler, Elaine H. Zackai, Kathleen Claes, Katharina Wimmer, Rick van Minkelen, Alessandro De Luca, Yolanda Martín, Eric Legius, Ludwine Messiaen

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeurofibromatosis and Schwannoma Cases
Établissements canadiensCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesOchsner HealthChildren's National HospitalKaiser PermanenteWashington University in St. LouisChildren's Tumor Foundation
Mots-clésPhenotypeGeneticsGenotypeGenotype-phenotype distinctionGeneBiologyCorrelation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

PURPOSE: Neurofibromatosis type 1 (NF1) is characterized by a highly variable clinical presentation, but almost all NF1-affected adults present with cutaneous and/or subcutaneous neurofibromas. Exceptions are individuals heterozygous for the NF1 in-frame deletion, c.2970_2972del (p.Met992del), associated with a mild phenotype without any externally visible tumors. METHODS: A total of 135 individuals from 103 unrelated families, all carrying the constitutional NF1 p.Met992del pathogenic variant and clinically assessed using the same standardized phenotypic checklist form, were included in this study. RESULTS: None of the individuals had externally visible plexiform or histopathologically confirmed cutaneous or subcutaneous neurofibromas. We did not identify any complications, such as symptomatic optic pathway gliomas (OPGs) or symptomatic spinal neurofibromas; however, 4.8% of individuals had nonoptic brain tumors, mostly low-grade and asymptomatic, and 38.8% had cognitive impairment/learning disabilities. In an individual with the NF1 constitutional c.2970_2972del and three astrocytomas, we provided proof that all were NF1-associated tumors given loss of heterozygosity at three intragenic NF1 microsatellite markers and c.2970_2972del. CONCLUSION: We demonstrate that individuals with the NF1 p.Met992del pathogenic variant have a mild NF1 phenotype lacking clinically suspected plexiform, cutaneous, or subcutaneous neurofibromas. However, learning difficulties are clearly part of the phenotypic presentation in these individuals and will require specialized care.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,068
Score d'incertitude au seuil0,367

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,047
Tête enseignante GPT0,345
Écart entre enseignants0,298 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations93
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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