Genomic landscape of pineoblastoma.
Notice bibliographique
Résumé
2028 Background: Pineoblastoma (PB) is a rare but aggressive pediatric brain tumour arising from the pineal gland. Overall survival rates are estimated at 50-60%, with younger patients ( < 5 years old) faring much worse (15-40%) despite intensive treatment regimens. Although germline RB1 and DICER1 alterations have been reported in a small proportion of PB, the clinical significance of such alterations and the biology of sporadic cases remains unknown. Methods: We collected tumor tissue from 75 cases of PB diagnosed at their local centres from across five continents. We undertook global DNA methylation profiling and performed multiple orthogonal consensus clustering analyses to elucidate PB subgroups. Chromosomal copy number alterations were determined using Conumee then GISTIC 2.0. Mutational analysis was conducted by whole exome and RNA sequencing. Clinical data was analyzed with correlative statistical methods and outcomes were measured by Kaplan-Meier survival estimates. Results: We discovered that PBs comprise four molecular sub-types, designated groups 1 to 4, with characteristic copy number alterations and mutational patterns. These molecular sub-groups exhibit distinct clinical features and survival outcomes. While PB groups 1-3 arose in older children (median ages 5.2-12.6 years), group 4 PB was restricted to much younger children (median age 1.4 years). Group 4 PB exhibited the highest incidence of metastases (53%) and had the worst 5-year event-free survival (EFS) and overall survival (OS) at 7.7% and 16.7%, respectively. In contrast, group 2 patients had a 5-year EFS and OS of 100%, while groups 1 and 3 had intermediate outcomes (5-year EFS 36.1% and 53.3%, 5-year OS 68.1% and 53.3%, respectively). Conclusions: PBs divide into four groups, each with a distinct genetic and clinical profile. These findings will have important implications for precise patient stratification and form the foundation for preclinical studies of biology-informed therapies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».