Clinical validation of an ultra-deep next generation DNA sequencing approach for the detection of bladder cancer in the urine.
Notice bibliographique
Résumé
e16515 Background: Currently available bladder cancer (BCa) urine tests suffer from poor sensitivity, specificity and limited insight on disease classification. We have developed an assay to identify bladder tumor associated mutations in urine using broad and ultra-deep next generation DNA sequencing of over 100,000 genomic loci. In a cohort of patients from a variety of urologic practice settings, we aimed to describe the sensitivity and specificity of this assay in the detection of BCa. Methods: Urine samples and clinical data for 114 patients were collected from three outpatient urology practices and two academic urology centers. Of the 114 patients, 48 patients had active BCa, and 66 did not. Tumor grade distribution was 33 high grade, 13 low grade, and 2 unknown. Stage distribution among the 48 BCa patients was Ta (n = 19), TIS (n = 1), T1 (n = 5), > T2 (n = 20), Tx (n = 3). Of the 66 patients without BCa, most had GU diagnoses and previous cancer histories (non-BCa), including BPH, hematuria, urinary tract symptoms, kidney stones and prostatitis. Twenty patients had previous or concurrent cancer diagnoses (non-BCa). DNA was extracted and sequenced on a HiSeq 2500. Sequencing data was run through a previously validated algorithm, which classified samples as positive or negative. Results: In this patient cohort, our assay achieved a sensitivity of 93%, specificity of 89%, and an incidence adjusted negative predictive value of 99% for detection of BCa. Interestingly, false positives were most common in patients with concurrent or previous cancer histories. Mutational profiles predicted tumor grade with 80% accuracy. In a select cohort of longitudinally tracked patients, 9 of whom ultimately developed BCa, our test demonstrated a 3-9 month lead time over cystoscopy in 5 patients with minimally residual or occult disease. Conclusions: We describe the clinical validation of a urine-based, next generation DNA sequencing assay in the detection of bladder BCa. Our data further demonstrate potential utility in molecular grading, as well as the prediction of future BCa recurrence. Multiple retrospective and prospective studies are underway to further validate clinical validity and utility in other GU cancers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».