Up-regulation of <i>BAALC/MN1/MLLT11/EVI1</i> gene cluster in relation to <i>MYC</i> / BCL2 protein co-expression and poor overall survival in acute myeloid leukemia (AML).
Notice bibliographique
Résumé
7045 Background: Molecular heterogeneity is the basis of dismal prognosis in AML. Current clinical risk evaluation by karyotyping and a few genetic mutations appear insufficient to provide defined directions for novel targeted therapies. Complex molecular technologies require transition into widely available laboratory platforms, like immunohistochemistry, for better integration into routine clinical / laboratory practices. MYC and BCL2 protein co-expression is associated with aggressive clinical behaviour in diffuse large B-cell lymphoma; however, this proteomic signature is not studied in AML patients, as risk stratification tool. Methods: In a defined subset (MYC+/BCL+ or MYC-/BCL-) of AML patients (n = 20), we utilized diagnostic bone marrow biopsy material to examine expression signature of several genes (n = 12) of established prognostic value in AML (TP53; RB1; NRAS; EVL1; MN1; ERG; MLLT11; PRAME; BAALC; FLT3; WT1; SOCS2; GUSB; TBP). Digital RNA quantification was determined, utilizing nCounter , Nanostring plate form. Transcript levels were correlated with MYC/BCL2 protein expression pattern; karyotype (favourable, intermediate and unfavourable risk group) and overall survival (OS), irrespective (+/-) of therapy or cause of death. Results: Unsupervised K-means++ clustering defined two distinct groups with high and low transcript levels of BAALC/MN1/MLLT11/EVI1/SOCS2 genes (> 2.0 fold difference; P < 0.001). Higher mRNA signature correlated with higher prevalence of MYC/BCL2 co-expression (P < 0.05) and poor OS (log rank test, P < 0.036) but remains unrelated to conventional cytogenetic risk groups (fisher exact test, P < 0.084). Conclusions: This pilot study present limited but useful data, to stipulate direction to refine the prognostication scheme of AML patients outside conventional cytogenetic risk groups. It also presents some biologic rationale to the use of novel agents targeting MYC and or BCL2 genes in combinational chemotherapy for AML patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».