Comparison of guidelines, BRCAPRO, and genetic counsellors estimates for the identification of BRCA1 and BRCA2 mutations in pancreatic cancer.
Notice bibliographique
Résumé
e15784 Background: Germline BRCA1 and BRCA2 (BRCA) mutation carriers with pancreatic adenocarcinoma (PDAC) are eligible for precision therapy trials and their relatives should undergo genetic testing and tailored cancer prevention. We assessed the performance of strategies to identify BRCA mutation carriers in PDAC. Methods: Incident cases of PDAC were prospectively recruited for BRCA sequencing in a multidisciplinary PDAC clinic. Probands were evaluated according to the National Comprehensive Cancer Network 2017 (NCCN) and the Ontario Ministry of Health and Long-Term Care (MOHLTC) guidelines for BRCA testing. The probability of each proband carrying a BRCA mutation was estimated using BRCAPRO and by surveying genetic counsellors. Guidelines were compared across sensitivity, specificity, and positive and negative predictive values (PPV and NPV). Estimates from BRCAPRO and the genetic counsellors were compared using the area-under-the-curve (AUC) for discrimination and the Hosmer-Lemeshow test for calibration. Results: 22/484 (4.5%) of probands carried a BRCA mutation. The mutation rate was higher in probands with Ashkenazi Jewish ancestry (7/57, p=0.009) or a first-degree relative with breast cancer (8/83, p=0.036). 119 genetic counsellors responded to the survey and each proband was assessed by a mean of 5.9 genetic counsellors. The Table displays the performance of the guidelines. Discrimination was similar for the estimates from genetic counsellors and BRCAPRO (AUC 0.755 and 0.775, respectively, p=0.701). Genetic counsellors generally overestimated (p=0.008), whereas BRCAPRO severely underestimated (p<0.001), the probability that each proband carried a mutation. Conclusions: The NCCN 2017 guidelines and estimates from genetic counsellors accurately identify BRCA mutations in PDAC. The MOHLTC guidelines and BRCAPRO should be updated to account for the association between PDAC and BRCA mutations. [Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,015 | 0,063 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».