Variants at the <i>APOE/C1/C2/C4</i> Locus Modulate Cholesterol Efflux Capacity Independently of High‐Density Lipoprotein Cholesterol
Notice bibliographique
Résumé
Background Macrophage cholesterol efflux to high‐density lipoproteins ( HDLs ) is the first step of reverse cholesterol transport. The cholesterol efflux capacity ( CEC ) of HDL particles is a protective risk factor for coronary artery disease independent of HDL cholesterol levels. Using a genome‐wide association study approach, we aimed to identify pathways that regulate CEC in humans. Methods and Results We measured CEC in 5293 French Canadians. We tested the genetic association between 4 CEC measures and genotypes at >9 million common autosomal DNA sequence variants. These analyses yielded 10 genome‐wide significant signals ( P <6.25×10 −9 ) representing 7 loci. Five of these loci harbor genes with important roles in lipid biology ( CETP , LIPC , LPL , APOA 1/C3/A4/A5 , and APOE /C1/C2/C4 ). Except for the APOE /C1/C2/C4 variant ( rs141622900 , P nonadjusted =1.0×10 −11 ; P adjusted =8.8×10 −9 ), the association signals disappear when correcting for HDL cholesterol and triglyceride levels. The additional 2 significant signals were near the PPP 1 CB / PLB 1 and RBFOX 3/ ENPP 7 genes. In secondary analyses, we considered candidate functional variants for 58 genes implicated in HDL biology, as well as 239 variants associated with blood lipid levels and/or coronary artery disease risk by genome‐wide association study . These analyses identified 27 significant CEC associations, implicating 5 additional loci ( GCKR , LIPG , PLTP , PPARA , and TRIB 1 ). Conclusions Our genome‐wide association study identified common genetic variation at the APOE /C1/C2/C4 locus as a major determinant of CEC that acts largely independently of HDL cholesterol. We predict that HDL ‐based therapies aiming at increasing CEC will be modulated by changes in the expression of apolipoproteins in this gene cluster.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».