DNA repair mutations and treatment-emergent small cell neuroendocrine prostate cancer (t-SCNC) as hallmarks of distinct subgroups of metastatic castration resistant prostate cancer (mCRPC): Data from the West Coast Prostate Cancer Dream Team.
Notice bibliographique
Résumé
5039 Background: Genomic alterations in DNA repair genes are present in approximately 20-30% of patients with mCRPC. t-SCNC may be increasing in prevalence and is associated with adverse clinical outcomes. Potential overlap between these two subsets of mCRPC was assessed. Methods: Eligible patients (pts) underwent a metastatic tumor core needle biopsy at one of 5 centers. Tumor tissue was sent for consensus pathology call (JH, GT, LT) and targeted next-generation DNA sequencing. Chi-square test was used to compare the frequency of genomic alterations in select DNA repair genes (BRCA1, BRCA2, ATM, CDK12, RAD51, PALB2, FANCA, CHEK2, MLH1, MSH2, MLH3, and MSH6) between tumors with versus those without small cell histology. Frozen tissue from the same metastatic tumor underwent RNA sequencing (RNA-seq). Pts were prospectively followed for overall survival (OS). Results: 119 consecutive biopsies with sufficient tumor to permit histologic assessment and targeted NGS were included, including 14 biopsies (13%) with t-SCNC. In the overall cohort, DNA repair mutations were present in 41 biopsies (34%). By histologic subtype, mutations were present in 40/105 (38%) of adenocarcinoma tumors vs. only 1 of 14 (7%) biopsies with t-SCNC histology (p = 0.047). In contrast, TP53 and/or RB1 loss were enriched in the t-SCNC cohort (83% vs. 34%, p = 0.0015). Unsupervised hierarchical analysis of the transcriptome identified small cell-enriched cluster of biopsies (N = 12) that were mutually exclusive of DNA repair mutations and enriched for E2F transcriptional targets on RNA-seq. The presence of t-SCNC histologic differentiation was associated with worse OS from date of mCRPC (median OS 44.5 vs. 36.6 months; log-rank p = 0.027); the presence of DNA repair mutations was not (p = 0.734). Conclusions: Tumors harboring DNA repair pathway mutations or t-SCNC differentiation may represent distinct disease subsets of mCRPC with differing clinical outcomes. Added together, the two subsets account for approximately 40% of mCRPC pts. Independent prospective validation of these findings is warranted. Clinical trial information: NCT02432001.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».