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Enregistrement W2890415737 · doi:10.1371/journal.pone.0206668

Large geographic distance versus small DNA barcode divergence: Insights from a comparison of European to South Siberian Lepidoptera

2018· article· en· W2890415737 sur OpenAlexafffund
Peter Huemer, Paul D. N. Hebert, Marko Mutanen, Christian Wieser, Benjamin Wiesmair, Axel Hausmann, Roman V. Yakovlev, Markus Möst, Brigitte Gottsberger, Patrick Strutzenberger, Konrad Fiedler

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLepidoptera: Biology and Taxonomy
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaProvincia autonoma di Bolzano - Alto AdigeOulun YliopistoKoneen SäätiöMinistry of Education and Science of the Russian FederationOntario Ministry of Research, Innovation and ScienceSuomen KulttuurirahastoCanadian Network for Research and Innovation in Machining Technology, Natural Sciences and Engineering Research Council of CanadaSuomalainen TiedeakatemiaCanada Foundation for Innovation
Mots-clésLepidoptera genitaliaDNA barcodingBarcodeDivergence (linguistics)GeographyEvolutionary biologyBiologyZoologyEcologyComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Spanning nearly 13,000 km, the Palearctic region provides an opportunity to examine the level of geographic coverage required for a DNA barcode reference library to be effective in identifying species with broad ranges. This study examines barcode divergences between populations of 102 species of Lepidoptera from Europe and South Siberia, sites roughly 6,000 km apart. While three-quarters of these species showed divergence between their Asian and European populations, these divergence values ranged between 0-1%, distinctly less than the distance to the Nearest-Neighbor species in all but a few cases. Our results suggest that further taxonomic studies may be required for 16 species that showed either extremely low interspecific or high intraspecific variation. For example, seven species pairs showed low or no barcode divergence, but four of these cases are likely to reflect taxonomic over-splitting while the others involve species pairs that are either young or show evidence for introgression. Conversely, some of the nine species with deep intraspecific divergence at varied spatial levels may include overlooked species. Although these 16 cases require further investigation, our overall results indicate that barcode reference libraries based on records from one locality can be very effective in identifying specimens across an extensive geographic area.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,428
Score d'incertitude au seuil0,782

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,040
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,199 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations32
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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