Impact of the epigenetic modulator BORIS on sensitivity of melanoma cells to UV-induced DNA damage.
Notice bibliographique
Résumé
e21077 Background: Cutaneous melanomas display considerably higher mutational load compared to other solid tumors, mainly due to DNA damage and absent/defective repair. Chromatin organization plays an important role in these processes, with open chromatin conferring a higher sensitivity to DNA damage. BORIS is an epigenetic modifier that is correlated with open chromatin and is abnormally expressed in primary and metastatic melanoma. Here we set out to obtain a better understanding of BORIS’s role in chromatin organization and DNA damage in melanoma. Methods: A panel of melanoma cell lines was selected and BORIS mRNA expression was determined using qPCR. Cellular localization of BORIS was assessed by immunofluorescence. Ectopic BORIS expression was established exploiting a doxycycline inducible expression vector and proliferation was assessed using crystal violet and Hoechst staining. DNA damage was induced by exposure to 60 J/m2 UVC followed by apoptosis and cell cycle analysis using flow cytometry. Results: We confirmed aberrant BORIS expression in 61% of our melanoma cell line panel and observed nuclear BORIS localization in areas of low chromatin density. Forced expression of BORIS in BORIS low/intermediate cell lines resulted in a significant reduction in cell growth and increased cell death. Interestingly, BORIS overexpressing cells exposed to UV irradiation displayed a higher degree of cell cycle alterations and increased level of apoptosis compared to BORIS low/intermediate cells. Conclusions: Our results demonstrate that BORIS is increased in melanoma, localized in areas of open chromatin, and increased sensitivity to UV-induced DNA damage. Taken together, this indicates a role for BORIS in directing the chromatin state into a more open conformation, allowing increased sensitivity to DNA damage. Currently, we are analyzing DNA damage in BORIS overexpressing cells and are further investigating BORIS’s role in directing chromatin state by exploiting ATAC-seq and ChIP-seq for various epigenetic marks.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».