Genetic correlates of therapeutic toxicities of stage III colon carcinoma patients treated with adjuvant FOLFOX+/-cetuximab (NCCTG N0147, Alliance).
Notice bibliographique
Résumé
3604 Background: Limited research has investigated the role of variation in the host genome as a determinant of colon carcinoma (CC) outcomes, including toxicity due to therapeutic agents. We examined the relationship between germline genetic factors and treatment-associated serious adverse events (SAEs) in a population of CC patients in which treatment was standardized and follow-up for outcomes was uniformly conducted. Methods: Using existing biospecimens from CC patients with resected stage III disease in a phase III randomized trial of FOLFOX adjuvant chemotherapy with and without cetuximab (NCCTG N0147), genome-wide genotyping arrays were conducted for 2200 patients for a total of ~20 million single nucleotide polymorphisms (SNPs). Using logistic regression models we assessed SNP-specific associations with SAEs, utilizing a discovery-based approach to search the genome in an unbiased manner. Detailed information on SAEs was collected using the Common Toxicity Criteria for Adverse Events (CTCAE, v3.0). Analyses evaluating associations with specific classes of common grade ≥3 SAEs were performed, including gastrointestinal toxicities, neutropenia, and paresthesias. A threshold of P < 5x10-8was used to denote genome-wide significance. Results: Among patients who received FOLFOX, several SNPs on chr 15 near the ANP32A gene and on chr 2 near the CD207 gene were statistically significantly associated with grade ≥3 neuropathy. The strongest SNP-specific associations in these regions were in the range of odds ratio (OR) = 1.3, P = 2.8×10−10 and OR = 1.5, P = 2.7×10−10, respectively. Conclusions: Findings from this genome-wide analysis demonstrate the potential importance of germline genetic variation in influencing CC patients’ experience of specific toxicities to FOLFOX regimens. These results highlight two genomic regions of potential interest for understanding the biological mechanism for such toxicities, although further evaluation and replication is needed. Support: U10CA180821, U10CA180882, U10CA180820, U10CA180863, U10CA180888, CCSRI 021039, R01CA176272, Eli Lilly & Co, Pfizer, Sanofi. Clinical trial information: NCT00079274 .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».