A technical feasibility report on correlative studies from the investigator-initiated phase II study of pembrolizumab (Pembro) immunological response evaluation (INSPIRE).
Notice bibliographique
Résumé
11607 Background: Validated biomarkers of response to immune checkpoint inhibitors are needed. Methods: INSPIRE (NCT02644369) is a biomarker-driven study to comprehensively evaluate changes in genomic and immune landscapes in tumors and blood of patients (pts) treated with pembro at 200 mg IV Q3W. It consists of 5 histological cohorts of 20 evaluable pts each: head and neck squamous cell cancer (SCCHN), triple negative breast cancer (TNBC), high grade serous ovarian cancer (HGSOC), melanoma (MM) and mixed solid tumors (MST). All pts undergo pre- and on-treatment (week 6-9) fresh tumor biopsies (bx), and at progression for responders. The first core bx is for immunohistochemistry and subsequent cores are pooled to create single cell suspension for 5 prioritized biomarker assay groups: (1) whole exome/RNA-/TCR-sequencing; (2) T/B/NK, APCs, and/or Treg phenotyping; (3) patient-derived xenografts; (4) RNA-seq on viably sorted immune populations; (5) TIL expansion and characterization. Serial blood samples for immunophenotyping, chemokines/cytokines and ctDNA are collected. Results: 53 pts were enrolled from March 21, 2016-January 16, 2017 (5 SCCHN, 8 TNBC, 17 HGSOC, 7 MM, 16 MST). 84 tumor bx (53 pre-, 30 on-treatment, 1 progression) and 244 blood-based biomarker samples have been collected. The most common sites of tumor bx were: lymph nodes (27%), liver (22%) and skin (14%) (see table). For the 5 cohorts, the % of tumor bx with sufficient cellularity for biomarker assay groups 1 and 2 are: SCCHN (33%), TNBC (9%), HGSOC (52%), MM (55%), MST (55%). Conclusions: This report provides robust technical feasibility data to plan immune and molecular characterization of tumor and blood-based biomarkers in pts receiving ICI. Clinical trial information: NCT02644369. [Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,039 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,018 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».