MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2891071112 · doi:10.1530/rep-18-0185

<i>SPAM1</i> and <i>PH-20</i> are two gene products expressed in bovine testis and present in sperm

2018· article· en· W2891071112 sur OpenAlexaff
Andrée‐Anne Saindon, Pierre Leclerc

Notice bibliographique

RevueReproduction · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSperm and Testicular Function
Établissements canadiensUniversité LavalCentre hospitalier de l'Université Laval
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGene isoformZona pellucidaSpermBiologyIn silicoGeneEpididymisCell biologyMolecular biologyBiochemistryGeneticsOocyteEmbryo

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Sperm adhesion molecule 1 (SPAM1) is a sperm protein possessing a hyaluronidase domain in its N-terminus and a zona pellucida-binding domain in its C-terminus. Our previous studies showed that bovine spermatozoa potentially have 2 SPAM1 isoforms that present different C-terminal domains, different origins (testis and epididymis) and different locations in spermatozoa. In this study, two approaches were taken to characterize the different SPAM1 isoforms. First, 3'-RACE experiments were done to determine the sequence of the 3' regions of the potential transcripts. Second, by in silico analyses, we aimed to determine whether our antibody that recognizes the N-terminal domain of SPAM1 detects two SPAM1 isoforms or two highly similar, although different, proteins. We found that the 3' regions of SPAM1 transcripts from bovine testis and caput epididymis were identical. Nevertheless, two transcript variants that differ by 90 nucleotides, encoded by an entire exon, are expressed in both tissues. Only the protein encoded by the longest SPAM1 transcript variant was confirmed in ejaculated bull spermatozoa by mass spectrometry. In silico analyses revealed a highly similar protein to SPAM1, PH-20, that could potentially be recognized by our N-terminal antibody. The presence of PH-20 transcripts was confirmed in bovine testis and the protein is present in ejaculated spermatozoa. Our N-terminal antibody possibly recognizes both SPAM1 and the highly homologous protein PH-20 instead of two SPAM1 isoforms. Identifying the proteins implicated in the fertilization process is crucial in order to elucidate their roles and to better understand the complex process of fertilization.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,331
Score d'incertitude au seuil0,546

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueReproductionMême sujetSperm and Testicular FunctionTravaux en français237 207