Tumor molecular profiling to differentiate extreme responses to first-line platinum-based chemotherapy in suboptimally debulked serous ovarian cancer patients.
Notice bibliographique
Résumé
5561 Background: Patients with advanced high grade serous ovarian cancer (SOC) who undergo a suboptimal debulking primary surgery typically have adverse clinical outcomes. However, a spectrum of sensitivity to first line platinum-based chemotherapy is observed but poorly understood. In this study, we perform molecular characterization of two groups of responders (extreme versus poor) to first line carboplatin/taxol chemotherapy in suboptimally debulked SOC patients. Methods: Suboptimally debulked SOC patients with advanced disease (stage III-IV) were grouped by response to first-line chemotherapy and clinicopathologic data collected. Extreme platinum-sensitive (PS) responders had a PFI (progression-free interval) > 12 months (mo) and platinum-resistant (PR) responders had a PFI < 6mo. Tissue specimens were used to interrogate the molecular features of both PS and PR cohorts using whole exome and transcriptome sequencing. Sequence alignment and variant calling were performed using GATK and annotation was performed using Variant Effect Predictor for assessment of non-synonymous tumor mutation burden (TMB) and discovery of novel mutational signatures to predict platinum response. Results: There were 39 patient samples analyzed from primary surgery (PS group = 20; PR group = 19). Median PFI for PS and PR patient cohorts was 30 mo and 3 mo (p < 0.001), respectively. In all tumors, in addition to BRCA and TP53 mutations, additional oncogenic mutations were noted in genes associated with PI3K/AKT/mTOR signaling and in epigenetic regulation. The PS samples were characterized by mutations in BRCA1/2 and the PR samples by mutations in MGA. Compared to tumors in the PR cohort, PS tumors had a significantly higher non-synonymous mutation rate using TMP analysis (p < 0.05) with a trend towards increased immune response. Additional bioinformatics analysis is ongoing and will include copy number variation analysis, immune inference using ESTIMATE and Gene Set Enrichment Analysis. Conclusions: Contracting a mutational signature is feasible from patient tumors at primary surgery and helps to elucidate extreme responses to platinum-based chemotherapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».