OS3.6 Development and validation of a DNA methylome-based predictor of meningioma recurrence and meningioma recurrence score
Notice bibliographique
Résumé
The greatest clinical challenge faced in meningioma is the inability to predict recurrence for individual patients, limiting the ability to select patients who would benefit from adjuvant radiation therapy to prevent recurrence. In this multi-center cohort study, we utilized global epigenome DNA methylation profiles from human tumor samples to generate and validate a methylome-based predictor of recurrence-free survival (RFS) in individual patients to guide decision making regarding adjuvant treatment. Cox modeling of individual probes was used for feature selection in a training set (N=228 patients) which was then applied to two independent validation sets (N=54; N=140 patients). Gene-expression analysis was correlated to DNA methylation profiles using two published microarray datasets (GSE16581; GSE9438). Finally, penalized Cox modeling was used to generate a 5-year meningioma recurrence score based on a nomogram that integrated our validated methylome-based predictor with established clinical factors. The methlyome-based predictor was independently associated with RFS in each of the two validation sets, after adjusting for tumor grade and extent of resection (EOR; HR 4.0, 95%CI 1·4 - 11·5, P = 0·01 and HR 2·3, 95%CI 1·4 - 3.8, P = 0·002). Using a 5-year RFS metric, the methylome-based predictor performed favourably compared to a grade-based predictor in both validation cohorts (ΔAUC =15%; ΔAUC=12%). Functional annotation of the included probes implicated the homeobox gene family. A nomogram constructed using the validated methylome-predictor with WHO grade and EOR demonstrated greater predictive performance than a nomogram using clinical factors alone (ΔAUC = 7·7%) and resulted in two different risk groups with distinct recurrence patterns (P < 0·001). The methylome-based predictor and meningioma recurrence score developed and validated in this study provide important prognostic information not captured by established clinical factors. The meningioma recurrence score represent the first combined molecular and clinical prognostic tool that is individualized for patients with meningiomas, and hence an advance towards precision medicine in meningiomas
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».