Quantitative multiplex immunofluorescence (qmIF) and genomic evaluation of tumor microenvironment (TME) to identify candidate biomarkers in stage II/III melanoma.
Notice bibliographique
Résumé
9580 Background: Biomarkers are needed to risk stratify for adjuvant trials in early stage melanoma. Features of the immune infiltrate within the TME are hypothesized to be prognostic, but quantification methods are not standardized for clinical practice. Expression profiling of stage II/III melanoma shows that Th1 genes have prognostic value. Combination of genomic and qmIF analyses of the TME may identify prognostic immune biomarkers. Methods: We performed qmIF analysis on 104 primary melanoma tumors (stage II-III) diagnosed at Columbia University Medical Center from 2000-2012. Tissue was stained for DAPI (nuclei), CD3 (T cell), CD8 (cytotoxic T cell (CTL)), CD68 (Mj), SOX10 (tumor), HLA-DR (activation) and Ki67 (proliferation). Phenotyping was performed with inForm software. High/low density cut-offs were defined by Classification and Regression Tree Analysis (CART) and Receiver Operating Characteristic (ROC) curves. For 64 patients (pts), with known of cause of death, KM curves were calculated. mRNA expression analysis for 63 immune genes (NanoString) was performed on 44 of 64 pts for whom sufficient tissue was available. Results: On qmIF, we find that high CTL and low Mj infiltration, particularly when located in the stroma, correlates with disease specific survival (DSS) (p = 0.004 and p < 0.001, respectively). Of greatest significance, when combined, low stromal CTL/Mj ratio correlates with death from melanoma using ROC (AUC = 0.724, p = 0.026). By AUC cutoff, low CTL/Mj ratio predicts poor DSS (p = 0.003) and overall survival (OS) (p = 0.008). On multivariable cox analysis, low CTL/Mj was independently associated with DSS (p = 0.002) and OS (p = 0.020). Genomic analysis identified increased expression of CXCL9, CXCR3, CCL5 and CD37 in non-recurrent pts (p < 0.050 after bonferoni correction) which did not correlate with CTL/Mj ratio. Conclusions: Multiparameter phenotyping of stage II/III melanoma pts shows that stromal CTL/Mj ratio strongly correlates with survival. mRNA analysis shows that high Th1 gene expression correlates with non-recurrence. Combination of qmIF and mRNA analysis may be useful in stratifying pts to receive immunotherapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».