Whole Genome Characterization of a Few EMS-Induced Mutants of Upland Rice Variety Nagina 22 Reveals a Staggeringly High Frequency of SNPs Which Show High Phenotypic Plasticity Towards the Wild-Type
Notice bibliographique
Résumé
The Indian initiative for creating mutant resource for functional genomics in rice has been instrumental in development of 87,000 EMS induced mutants, of which 7000 are in advanced generations, in the background of Nagina 22, a popular drought and heat tolerant upland cultivar.. Nagina 22 is a pre-green revolution cultivar which is tall and as many as 573 dwarf mutants identified from this resource could be useful as an alternate source of dwarfing. A total of 541 mutants including the macromutants and the trait specific ones, obtained after appropriate screening, are being maintained in the mutant garden. Here, we report the detailed characterization of the 541 mutants based on DUS (distinctness, uniformity and stability) descriptors at two different locations. About 90% of the mutants were found to be similar to the wild type (WT) with high similarity index (>0.6) at both the locations. All 541 mutants were characterized for chlorophyll and epicuticular wax content, while a sub-set of 84 mutants were characterized for their ionome namely, phosphorous, silicon and chloride content. Genotyping of these mutants with 54 genome-wide SSR markers revealed 93% of the mutants to be either completely identical to WT or nearly identical with just one polymorphic locus. Whole genome re-sequencing (WGS) of four mutants which have minimal differences in SSR fingerprint pattern and DUS characters from the WT revealed a staggeringly high number of SNPs on an average (16453 per mutant) in the genic sequences. Of these, nearly 50% of the SNPs led to non-synonymous codons while 30% resulted in synonymous codons. Number of InDels varied from 898-2595 with more than 80% of them being 1-2 bp long. Such a high number of SNPs could pose a serious challenge to identifying gene(s) governing the mutant phenotype by next generation sequencing (NGS) based mapping approaches such as Mutmap. From the WGS data of the WT and the mutants we developed a genic resource of the WT with a novel analysis pipeline. The entire information on this resource along with panicle architecture of 493 mutants is made available in a mutant database EMSgardeN22 (http://14.139.229.201/EMSgardeN22).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».