Detection of <i>EGFR</i> mutations in cfDNA and development of resistance.
Notice bibliographique
Résumé
e21072 Background: Peripheral blood sampling for T790M in patients (pts) failing initial EGFR-TKIs is now standard practice. The value of longitudinal sampling is unknown. Methods: A study of cell free (cf) DNA analysis in pts with EGFR mutated(m) non-small cell lung cancer (NSCLC) is ongoing at the Princess Margaret Cancer Centre. The ThermoFisher Oncominelung assay detecting single nucleotide variants and indels to a limit of 0.05-0.1% variant allele frequency (VAF) was used. Patient clinical details and outcomes were collected prospectively. Results: From Oct 2016-Feb 2017, 73 pts with EGFRm NSCLC enrolled and first blood samples were analysed. Most (92%) had mutations in del19 or L858R, including 1 pt with del19/S768I. Uncommon EGFRm were present in 6 (G718X, L861Q, exon20ins). Detectable levels of cfDNA were found in 50 pts (68%). Of 64 pts either starting an EGFR-TKI (n = 11,17%), receiving a TKI without progression (PD) (23, 36%) or with PD on a TKI (30, 47%), the presence of the primary EGFRm in 39 (61%) strongly associated with a new diagnosis or PD, p = 0.03. Of 53 pts receiving a TKI, the presence of T790M in 31 (58%) also associated with PD (p = 0.04). In this cohort, in the presence of the primary EGFRm and no radiologic PD, the median progression free survival (PFS), taken from blood draw, was 2.1 months (mths) versus 10 mths (HR 2.22, 95% CI: 0.89-5.54 p = 0.08). If T790M was detected in cfDNA, the median PFS was 3.0 months versus 9.7 mths, (HR 4.59, 95% CI: 1.43-14.73 p = 0.005). In univariable regression analyses the %VAF of the primary EGFRm correlated with PFS (HR 1.15, 95%CI: 1.02-1.29, p = 0.02) with a trend in the %VAF of T790M (HR 1.16 95% CI:0.99-1.37, p = 0.08). T790M was detected in 3 of 4 pts with T790M -ve tissue, and other co-occurring EGFRm were found in 10 pts including K745R in a pt receiving first-line osimertinib. TP53 (n = 10), KRAS (1), PI3KCA(1) and ALK(2) gene mutations were also detected. Interestingly, in 1 pt receiving chemotherapy with T790M+ disease, both the primary EGFRm and T790M were detected in blood at the time of PD. Conclusions: In addition to the emergence of resistance mutations, the presence of the primary EGFRm in pts receiving EGFR-TKIs may associate with a shorter PFS and therefore may be useful in longitudinal analyses of cfDNA to direct therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».