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Enregistrement W2891435568 · doi:10.1093/qjmed/hcw128.002

Using Maldi-imaging to investigate region-specific proteome in IPF Lung

2016· article· en· W2891435568 sur OpenAlexaff
Darryl A. Knight, Christopher Grainge, James C. Hogg, Jun Han, Christoph H. Borchers, David W. Waters, Michael Schuliga, Bart Vanaudenaerde, Steven E. Mutsaers, Cecilia M. Prêle, Geoff Laurent, Janette K. Burgess

Notice bibliographique

RevueQJM · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePulmonary Hypertension Research and Treatments
Établissements canadiensUniversity of VictoriaUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésProteomeMALDI imagingLungComputational biologyMedicineChemistryMatrix-assisted laser desorption/ionizationBiologyInternal medicineBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

RATIONALE: Previous studies have compared gene or protein expression from biopsies or random samples of IPF lung to normal or disease controls. Regional variation and typical progression of IPF provides a unique opportunity to investigate disease pathogenesis. HYPOTHESIS: Region-specific cues from the microenvironment are central to the pathogenesis of IPF. Our aim was to examine the feasibility of conducting a qualitative and quantitative analysis of extracellular matrix proteins in human lung tissue using peptide sequencing and Maldi-imaging. METHODS: Lung were air inflated to 20cm H20 pressure and snap frozen in liquid N2 fumes. Frozen slices were cut with a band saw and 2x2cm tissue cores prepared from 8 different regions. For Maldi imaging, sections (20 μm) were thaw mounted on indium tin oxide coated microscopic slides and coated with sinapinic acid. MS data were recorded on an Apex-Qe 12T hybrid quadrupole-FTICR mass spectrometer equipped with an Apollo dual-mode electrospray ionization Maldi ion source. Maldi imaging data were acquired with image pixel resolution of 200μm.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,272
Score d'incertitude au seuil0,280

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,090
Tête enseignante GPT0,335
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
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Résumé présentoui

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