Using Maldi-imaging to investigate region-specific proteome in IPF Lung
Notice bibliographique
Résumé
RATIONALE: Previous studies have compared gene or protein expression from biopsies or random samples of IPF lung to normal or disease controls. Regional variation and typical progression of IPF provides a unique opportunity to investigate disease pathogenesis. HYPOTHESIS: Region-specific cues from the microenvironment are central to the pathogenesis of IPF. Our aim was to examine the feasibility of conducting a qualitative and quantitative analysis of extracellular matrix proteins in human lung tissue using peptide sequencing and Maldi-imaging. METHODS: Lung were air inflated to 20cm H20 pressure and snap frozen in liquid N2 fumes. Frozen slices were cut with a band saw and 2x2cm tissue cores prepared from 8 different regions. For Maldi imaging, sections (20 μm) were thaw mounted on indium tin oxide coated microscopic slides and coated with sinapinic acid. MS data were recorded on an Apex-Qe 12T hybrid quadrupole-FTICR mass spectrometer equipped with an Apollo dual-mode electrospray ionization Maldi ion source. Maldi imaging data were acquired with image pixel resolution of 200μm.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».