Prognostic significance of the proliferation signature in mantle cell lymphoma measured using digital gene expression in formalin-fixed paraffin-embedded tissue biopsies.
Notice bibliographique
Résumé
7510 Background: Mantle cell lymphoma (MCL) is a group of aggressive B-cell lymphomas displaying heterogeneous outcomes after treatment. A number of prognostic indices have been described. A powerful biomarker, the “proliferation signature”, was developed using gene expression in fresh frozen material in 2003 (Rosenwald et al Cancer Cell). Here we describe the training and validation of a new assay that measures the proliferation signature in RNA derived from routinely available formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) biopsies. Methods: FFPE biopsies were used to train an assay on the NanoString platform using Affymetrix U133 microarray gene expression in matched fresh frozen biopsies as a gold standard. The locked assay (including gene coefficients and score thresholds to define high, intermediate and low risk groups) was then applied to pre-treatment FFPE lymph node biopsies from an independent cohort of 110 patients uniformly treated with R-CHOP chemotherapy at the BC Cancer Agency. In 59 of these patients, aged 65 years or younger, there was intention-to-treat with an autologous stem cell transplant to consolidate response (the “ASCT-ITT” group). The MIPI was available for 95 patients. Results: The MCL55 assay, containing a 16-gene proliferation signature, yielded gene expression of sufficient quality to assign a score and risk group in 108/110 (98%) archival FFPE biopsies and assigned patients to high (26% of patients), intermediate (29%), and low (45%) risk groups with significantly different overall survival (OS); median OS of 1.1, 2.6 and 8.6 years, respectively (logrank for trend P<0.001). Within the ASCT-ITT group the median OS in these 3 risk groups were 1.4 years, 5.9 years, and not reached, respectively (logrank for trend P<0.001). In multivariate analysis, the risk groups assigned by the MCL55 assay and by the MIPI were independently associated with OS in the total cohort (P<0.001 for both variables). Conclusions: The newly developed and validated MCL55 assay for FFPE biopsies uses the proliferation signature to define groups of patients with MCL with significantly different OS independent of the MIPI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».