Should equivocal Bordetella pertussis PCR results in children be reported to public health?
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Real-time polymerase chain reaction (PCR) is the preferred method for the diagnosis of pertussis.In Quebec, positive and equivocal results are reportable to public health; in contrast, in Ontario equivocal results are not reportable.Objective: To determine the clinical significance of equivocal, compared with positive results, in children with suspected pertussis.Methods: Retrospective cohort of consecutive patients seen at the Centre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine in Montréal, Quebec, with suspected pertussis and tested with a bacterial multiplex PCR (including Bordetella pertussis) between 2015 and 2017.Medical records were reviewed using a standardized form.Univariate analyses (Student's t-test and chi-square test) and multivariable logistic regression were used to compare cases of positive and equivocal results.Results: Of the 1,526 multiplex PCR performed, 109 were positive and 24 equivocal.Both groups were similar in terms of demographics and disease severity assessments, but patients in the equivocal group had less paroxysmal cough (33.3% vs 79.8%, adjusted odds ratio [aOR] 0.11, 95% confidence interval [CI] 0.04-0.29)and whoop (0% vs 18.3%, p<0.001), lower lymphocyte counts (6.6 vs 11.9 x10 9 /L, p=0.008), were more likely to be diagnosed with a viral co-infection (16.7% vs 3.7%, aOR 5.62, 95% CI 1.17-27.54)and were less likely to receive a macrolide (25% vs 89%, aOR 0.04, 95% CI 0.01-0.11).When admitted, patients with equivocal results had a shorter average length of stay (3.3 vs 12.2 days, p=0.001).Conclusion: Although there were similarities in disease severity, children with suspected pertussis who had equivocal PCR results had significantly different clinical presentations compared with those with positive results.In the context of limited public health resources, these results may inform the decision whether or not equivocal results need to be reported to public health by laboratories.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».