Investigating potential causal relationships between SNPs, DNA methylation and HDL
Notice bibliographique
Résumé
Using data on 680 patients from the GAW20 real data set, we conducted Mendelian randomization (MR) studies to explore the causal relationships between methylation levels at selected probes (cytosine-phosphate-guanine sites [CpGs]) and high-density lipoprotein (HDL) changes (Δ HDL ) using single-nucleotide polymorphisms (SNPs) as instrumental variables. Several methods were used to estimate the causal effects at CpGs of interest on Δ HDL , including a newly developed method that we call constrained instrumental variables (CIV). CIV performs automatic SNP selection while providing estimates of causal effects adjusted for possible pleiotropy, when the potentially-pleiotropic phenotypes are measured. For CpGs in or near the 10 genes identified as associated with Δ HDL using a family-based VC-score test, we compared CIV to Egger regression and the two-stage least squares (TSLS) method. All 3 approaches selected at least 1CpG in 2 genes— RNMT;C18orf19 and C6orf141 —as showing a causal relationship with Δ HDL .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».