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Enregistrement W2891773955 · doi:10.1021/acs.jpcb.8b05053

Effects of Intense Electric Fields on the Double Proton Transfer in the Watson–Crick Guanine–Cytosine Base Pair

2018· article· en· W2891773955 sur OpenAlexafffund
Alya A. Arabi, Chérif F. Matta

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Physical Chemistry B · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA and Nucleic Acid Chemistry
Établissements canadiensMount Saint Vincent UniversityDalhousie University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaKillam TrustsCanada Foundation for InnovationMount Saint Vincent University
Mots-clésMolecular Structure of Nucleic Acids: A Structure for Deoxyribose Nucleic AcidGuanineCytosineBase pairWatsonBase (topology)PhysicsElectric fieldProtonChemistryDNANucleotideQuantum mechanicsMathematicsComputer scienceBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The double proton transfer reaction in the guanine–cytosine (GC) base pair is studied, using density functional theory, to understand the chances of mutations under the effect of uniform electric fields in the order of 108 to 109 V m–1. On the basis of potential energy surfaces, reaction Gibbs energies, equilibrium constants, imaginary frequencies, forward and reverse barrier heights, tunneling-corrected rate constants, half-lives of the forward and reverse reactions, percent tautomerization, and Boltzmann distributions, it was found that fields ≥+3.60 × 109 V m–1 facilitate the mutation in the GC base pair and reduce the rectification of point mutations. Fields applied along the double proton transfer in the −x (defined in the C to G direction) direction favor the canonical over the rare tautomers. Tunneling-corrected rate constants of the forward reaction increase exponentially with stronger fields in the −x direction and follow a Gaussian curve for the reverse reaction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,309

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,228
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations46
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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