Integration of somatic molecular profiling for rare epithelial gynaecologic cancer patients.
Notice bibliographique
Résumé
5509 Background: Rare gynaecologic cancers (R-GYN) represent over 50% of all gynaecologic malignancies. Conducting clinical trials in R-GYN is challenging due to the limited number of patients (pts) and differences in biologic behavior. Somatic molecular profiling (SMP) may increase biologic understanding of R-GYN and identify pts for target specific therapies. Methods: A cohort of epithelial R-GYN pts was analyzed for somatic variants (SV) through an institutional SMP screening (NCT01505400) using a customized Sequenom SNP genotyping panel or targeted sequencing (NGS) using the Illumina MiSeq TruSeq Amplicon Cancer Panel or the Ion Proton Ampliseq Cancer Hotspot Panel version 2, in a CLIA certified laboratory. Outcomes of genotype-matched (GM) versus genotype-unmatched (GUnM) trials were compared. Results: 721 GYN pts underwent SMP and 189 were classified as R-GYN (26%), with a median of 1.5 prior systemic treatments [0-4]. 52 low grade serous, 2 transitional and 1 squamous OC, 10 cervical adenosquamous/adenocarcinomas, 23 serous endometrial, 2 vaginal, 12 vulvar, 37 clear cell, 17 mucinous, 1 small cell and 32 carcinosarcomas. Pathology review confirmed diagnosis in 95%. A total of 134 pts (71%) had ≥ 1 SV (range 1-4), being the most common: 37% TP53; 39% KRAS; 37% PIK3CA. Upon SMP, 75 pts were not treated further, 64% due to progressive disease (PD). 91/189 pts were referred for clinical trials and 39/189 (21%) participated in 45 studies. 19/189 pts (10%), with a median of 0.5 prior systemic treatments [0-1], participated in GM trials (1 pt with vaginal cancer participated in two consecutive GM trials). Main reasons for non-enrollment were not fulfilling eligibility criteria (49%) and PD (29%). RECIST 1.1 response among evaluable pts showed: 3 PR (7%) (2 in GM trials) and 18 pts had SD ≥ 4 months(m) [9/18 pts (50%) in GM vs. 9/26 pts (35%) in GUnM]. Of 9/18 pts who had received prior systemic therapy for recurrent disease, the median time to progression of GM was 5.3 m (0.9-22) compared with 2.8 m (1.7-25.1) for the immediate prior line of therapy (p = 0.17). Conclusions: SMP screening of R-GYN identified actionable SV in 71% of pts, expanding the spectrum of therapeutic approaches in a population with limited standard options.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».