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Enregistrement W2892243421 · doi:10.1371/journal.pone.0204001

Improvement of reverse sequence algorithm for syphilis diagnosis using optimal treponemal screening assay signal-to-cutoff ratio

2018· article· en· W2892243421 sur OpenAlexaffabout
Bouchra Serhir, Annie‐Claude Labbé, Florence Doualla‐Bell, Marc Simard, Gilles Lambert, Annick Trudelle, Jean Longtin, Cécile Tremblay, Claude Fortin

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSyphilis Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensCentre Hospitalier de l’Université de MontréalCentre Intégré Universitaire de Santé et de Services Sociaux du Centre-Sud-de-l'Île-de-MontréalHôpital Maisonneuve-RosemontInstitut National de Santé Publique du Québec
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésRapid plasma reaginSyphilisImmunoassayTiterMedicineTreponemaCutoffImmunologyVirologyAlgorithmAntibodyMathematicsHuman immunodeficiency virus (HIV)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Although reverse sequence algorithms (RSA) for syphilis screening are performing well, they still have to rely on treponemal confirmatory tests at least for sera reactive by enzyme immunoassay/chemiluminescence immunoassay (EIA/CIA) and unreactive by rapid plasma reagin (RPR). Quebec's laboratory network previously showed that 3.3% of EIA/CIA reactive and weakly-reactive RPR samples (RPR titer of 1 to 4) would have been misclassified as syphilis cases if a treponemal confirmatory test had not been performed. OBJECTIVES: To correlate the magnitude of signal-to-cutoff (S/CO) ratios of the 4 most used commercial first-line EIA/CIA kits in Quebec with syphilis confirmation results and establish a S/CO value above which treponemal confirmation would not be required. METHODS: Serum samples from previously undiagnosed individuals (n = 7 404) obtained between January 2014 and February 2017 that were reactive by EIA/CIA and either negative by RPR or reactive with a low titer (1 to 4) were included in the study. All samples were tested with Treponema pallidum particle agglutination (TP-PA) and, if negative or inconclusive, with a line immunoassay (LIA). Syphilis infection confirmation was defined by a reactive TP-PA or LIA. Logistic regression analysis was used to determine S/CO values (95% CI lower bound = 0.98) above which confirmation would not be required. The four kits studied were Architect TP, BioPlex IgG, Syphilis EIA II, and Trep-Sure. RESULTS: Of 2609 reactive EIA/CIA specimens tested for the determination of S/CO values, 1730 (66%) were confirmed as true syphilis cases. Confirmation rate was significantly higher in samples with low-titer positive RPR (92%) than with negative RPR samples (54%); p<0.01. A linear probability model (95% CI lower bound = 0.98) predicted the S/CO value above which a confirmation would no longer be needed for the Architect TP (16.4), Bioplex IgG (7.4) and Trep-Sure (24.6). No linearity was observed between the S/CO value of Syphilis EIA II and the confirmation rate. The validity of the predicted S/CO values was investigated using 4 795 specimens. The use of an S/CO value of 16.4 with the Architect TP kit and of 24.6 for the Trep-Sure kit would obviate the need for confirmation of 18.5% and 13.2% of sera from the all RPR subgroup, respectively. For the BioPlex IgG kit, 81.1% of sera would not require confirmation when using the S/CO value of 7.4 in the low titer RPR subgroup. CONCLUSION: Signal-to-cut-off values could be used to identify sera that do not require extra treponemal confirmation for 3 of the 4 most used first-line EIA/CIA kits in Quebec. Using these values in our current reverse screening algorithm (RSA) would avoid the need for confirmatory tests in 14 to 20% of sera, a proportion that could reach 75% among low-titer RPR.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,010
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,015
Score d'incertitude au seuil0,029

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,010
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,126
Tête enseignante GPT0,318
Écart entre enseignants0,192 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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