Association of circulating tumor (ct)-DNA genomic alterations (GA) with outcomes in metastatic urothelial carcinoma (mUC).
Notice bibliographique
Résumé
4540 Background: Cell-free ctDNA profiling enables noninvasive identification of GA in mUC. We hypothesized that ctDNA GA correlate with outcomes and signify therapy targets. Methods: 477 patients (pts) with UC who underwent ctDNA analysis for potentially actionable GA via Guardant360 were identified. A 73-gene ctDNA next generation sequencing (NGS) panel from CLIA-licensed, CAP-accredited laboratory (Guardant Health, Inc.) offers complete exon sequencing in 19 cancer genes, critical exons in 54 genes, amplifications (18 genes), fusions (6 genes) & indels (23 genes) from 10 mL of peripheral blood. KM method was used to estimate overall survival (OS) and failure-free-survival (FFS) since therapy initiation. Cox proportional hazards regression was used to assess the association of ctDNA GA present in > 10% of pts and clinical factors with OS and FFS in univariable analyses. All tests were 2-sided, p ≤0.05 was significant. We also evaluated GA in serial samples to assess genomic evolution. Results: 124 pts had available clinical data, of whom 65 had received prior platinum, 21 prior taxane and 10 prior PD1/PD-L1 inhibitor; ≥1 GA was detected in 112 pts. Median age at time of ctDNA collection was 72 and median (range) number of GA per sample was 4 (0-80); 110 pts had ≥1 SNV & 39 pts ≥1 CNV. Most commonly altered genes were TP53 (55%), PIK3CA (24%) and ARID1A (23%). 1-year OS and FFS were 69% and 35%, respectively. ARID1A (HR 0.49, p = 0.052) & BRAF (HR 0.24, p = 0.048) GA were associated with longer FFS, while BRCA1 (HR: 2.36, p = 0.016) GA with shorter FFS; no GA were significantly associated with OS. After ctDNA collection, 32 pts received platinum, 43 anti-PD1/PDL1, 24 other and 25 no therapy. There was no significant effect of post-ctDNA therapy on OS (p = 0.91) or FFS (p = 0.29); post-ctDNA therapy did not interact with clinical factors. Serial samples showed new and resolution of some GA. Conclusions: ctDNA GA were detected in most pts with mUC and appeared similar to those from prior tumor tissue NGS studies. BRAF & ARID1A GA correlated with longer and BRCA1 GA with shorter FFS suggesting that synthetic lethality with DNA damage repair inhibitors may be clinically useful. Serial sample analysis revealed genomic evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».