Circulating tumor (ct)-DNA alterations in urothelial/bladder cancer (UC/BC): Updates on a dynamic genomic landscape.
Notice bibliographique
Résumé
4534 Background: Cell-free ctDNA may be potentially actionable, may have prognostic/predictive role and evolve after therapy. We updated our analysis of our retrospective study to shed light on UC/BC biology. Methods: Patients (pts) with UC/BC with ctDNA analysis for potentially actionable alterations using Guardant360 were identified. A 70-gene ctDNA next generation sequencing panel from a CLIA-licensed, CAP-accredited laboratory (Guardant Health, Inc.) offers complete exon sequencing for 29 cancer genes, critical exons in 39 genes and amplifications (16 genes), fusions (6 genes) and indels (3 genes) harvested from 10 mL of peripheral blood. Descriptive statistics were used. Results: There were 246 pts with 276 samples. At least 1 alteration was detected in 249 (90%) samples. Median age at time of ctDNA collection was 67 years (39-85), 78% men, median number of alterations per sample was 3.5 (1-35) most pts had MIBC. In MIBC pts, the most common alterations at the 1st ctDNA sample were in TP53 (52%), PI3KCA (18%) ARID1A (17%), FGFR2 (15%), MET & NF1 (14%), EGFR (13%), BRAF (12%), FGFR3 (11%), RAF1 (10%), BRCA1 & CCNE1 (9%). In MIBC pts, the most common genes with increased copy number were RAF1 & CCNE1 (8%), ERBB2 & PI3KCA (7%), EGFR, BRAF, FGFR1, MYC (each 5%), MET (4%), KRAS (3%). Most common altered pathways included TP53 signaling (56%), RAS/RAF/MEK/ERK (51%), RTK (48%), cell cycle (38%), FGFR family (34%), DNA damage response (25%), PI3KCA/AKT/mTOR (23%) and chromatin remodeling (17%). Interestingly, FGFR3 and RAS alterations were mutually exclusive in most cases, but each may co-occur with TP53alterations. 54 serial ctDNA samples from 24 pts (18 pts with 2 samples; 6 pts with 3 samples) revealed persistent, lost and new gene alterations. Conclusions: ctDNA was detected in 90% of pts and alterations were similar to those previously seen in UC tumor tissue. Tumor heterogeneity, interim therapy, genomic instability and clonal evolution can explain differences in serial samples. Correlation assessment with prior therapies and outcomes is being pursued to inform trial designs. Prospective validation, assessment of ctDNA concordance with tumor tissue DNA, and evaluation of clinical utility is warranted.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».