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Enregistrement W2893592181 · doi:10.1038/s41420-018-0102-1

Metabolic profile and differentiation potential of extraembryonic endoderm-like cells

2018· article· en· W2893592181 sur OpenAlexafffund
Mohamed I. Gatie, Gregory M. Kelly

Notice bibliographique

RevueCell Death Discovery · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePluripotent Stem Cells Research
Établissements canadiensChildren’s Health Research InstituteWestern University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaGovernment of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchDeutsches Krebsforschungszentrum
Mots-clésBiologyEndodermOxidative phosphorylationCell biologyStem cellGlycolysisPopulationCellular differentiationEpigeneticsMitochondrionMetabolismBiochemistryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glucose metabolism has a crucial role for providing substrates required to generate ATP and regulate the epigenetic landscape. We reported that F9 embryonal carcinoma stem-like cells require cytosolic reactive oxygen species to differentiate into extraembryonic endoderm; however, mitochondrial sources were not examined. To extend these studies, we examined the metabolic profile of early and late-passage F9 cells, and show that their ability to differentiate is similar, even though each population has dramatically different metabolic profiles. Differentiated early-passage cells relied on glycolysis, while differentiated late-passage cells transitioned towards oxidative phosphorylation (OXPHOS). Unexpectedly, electron transport chain protein stoichiometry was disrupted in differentiated late-passage cells, whereas genes encoding mitofusion 1 and 2, which promote mitochondrial fusion and favor OXPHOS, were upregulated in differentiated early-passage cells. Despite this, early-passage cells cultured under conditions to promote glycolysis showed enhanced differentiation, whereas promoting OXPHOS in late-passage cells showed a similar trend. Further analysis revealed that the distinct metabolic profiles seen between the two populations is largely associated with changes in genomic integrity, linking metabolism to passage number. Together, these results indicate that passaging has no effect on the potential for F9 cells to differentiate into extraembryonic endoderm; however, it does impact their metabolic profile. Thus, it is imperative to determine the molecular and metabolic status of a stem cell population before considering its utility as a therapeutic tool for regenerative medicine.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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