Conserved mechanism of nucleoporin regulation of the <i>Kcnq1ot1</i> imprinted domain with divergence in embryonic and trophoblast stem cells
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Genomic imprinting is an epigenetic phenomenon, whereby dual chromatin states lead to expression of one, and silencing of the other parental allele. Recently, we identified a nucleoporin-mediated mechanism of Kcnq1ot1 imprinted domain regulation in extraembryonic endoderm stem cells by nucleoporins NUP107, NUP62 and NUP153. Here, we investigate their role in Kcnq1ot1 imprinted domain regulation in embryonic and trophoblast stem cells. Nucleoporin depletion in both lineages reduced Kcnq1ot1 noncoding RNA expression and volume, reduced Kcnq1ot1 paternal domain positioning at the nuclear periphery, and altered histone modifications along with histone modifier enrichment at the imprinting control region. However, while CTCF and cohesin were enriched at nucleoporin binding sites in the imprinting control region in embryonic stem cells, with reduction upon nucleoporin depletion, neither CTCF or cohesin occupied these sites in trophoblast stem cells. Finally, different subsets of silent paternal alleles were reactivated via altered histone modification upon nucleoporin depletion in embryonic and trophoblast stem cells. These results demonstrate a conserved mechanism with divergent regulation of the Kcnq1ot1 imprinted domain by NUP107, NUP62 and NUP153 in embryonic and extraembryonic lineages. Summary Statement Investigation of nucleoporins, NUP107, NUP62, and NUP153, revealed a conserved nucleoporin-dependent mechanism that mediates Kcnq1ot1 imprinted domain regulation in ES and TS cells, although notable lineage-specific divergence was also observed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».