Invited review: Microbiota of the bovine udder: Contributing factors and potential implications for udder health and mastitis susceptibility
Notice bibliographique
Résumé
Various body sites of vertebrates provide stable and nutrient-rich ecosystems for a diverse range of commensal, opportunistic, and pathogenic microorganisms to thrive. The collective genomes of these microbial symbionts (the microbiome) provide host animals with several advantages, including metabolism of indigestible carbohydrates, biosynthesis of vitamins, and modulation of innate and adaptive immune systems. In the context of the bovine udder, however, the relationship between cow and microbes has been traditionally viewed strictly from the perspective of host-pathogen interactions, with intramammary infections by mastitis pathogens triggering inflammatory responses (i.e., mastitis) that are often detrimental to mammary tissues and cow physiology. This traditional view has been challenged by recent metagenomic studies indicating that mammary secretions of clinically healthy quarters can harbor genomic markers of diverse bacterial groups, the vast majority of which have not been associated with mastitis. These observations have given rise to the concept of "commensal mammary microbiota," the ecological properties of which can have important implications for understanding the pathogenesis of mastitis and offer opportunities for development of novel prophylactic or therapeutic products (or both) as alternatives to antimicrobials. Studies conducted to date have suggested that an optimum diversity of mammary microbiota is associated with immune homeostasis, whereas the microbiota of mastitic quarters, or those with a history of mastitis, are considerably less diverse. Whether disruption of the diversity of udder microbiota (dysbiosis) has a role in determining mastitis susceptibility remains unknown. Moreover, little is known about contributions of various biotic and abiotic factors in shaping overall diversity of udder microbiota. This review summarizes current understanding of the microbiota within various niches of the udder and highlights the need to view the microbiota of the teat apex, teat canal, and mammary secretions as interconnected niches of a highly dynamic microbial ecosystem. In addition, host-associated factors, including physiological and anatomical parameters, as well as genetic traits that may affect the udder microbiota are briefly discussed. Finally, current understanding of the effect of antimicrobials on the composition of intramammary microbiota is discussed, highlighting the resilience of udder microbiota to exogenous perturbants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,018 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».