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Enregistrement W2894833808 · doi:10.1136/jmedgenet-2018-105389

16p13.11 microduplication in 45 new patients: refined clinical significance and genotype–phenotype correlations

2018· article· en· W2894833808 sur OpenAlexaff
Laïla El Khattabi, Solveig Heide, Jean‐Hubert Caberg, Joris Andrieux, Martine Doco Fenzy, Caroline Vincent-Delorme, Patrick Callier, Sandra Chantot‐Bastaraud, Alexandra Afenjar, Odile Boute‐Bénéjean, Marie Pierre Cordier, Laurence Faivre, Christine Francannet, Marion Gérard, Alice Goldenberg, Alice Masurel‐Paulet, Anne‐Laure Mosca‐Boidron, Nathalie Marle, Anne Moncla, Nathalie Le Meur, Michèle Mathieu‐Dramard, Ghislaine Plessis, Gaëtan Lesca, Massimiliano Rossi, Patrick Edery, Andrée Delahaye‐Duriez, Loïc de Pontual, Anne Claude Tabet, Aziza Lebbar, Lesley Suiro, Christine Ioos, Abdelhafid Natiq, Siham Chafai Elalaoui, Chantal Missirian, Aline Receveur, C. François-Fiquet, Pascal Garnier, Catherine Yardin, Cécile Laroche, Philippe Vago, Damien Sanlaville, Jean‐Michel Dupont, Brigitte Benzacken, Eva Pipiras

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomic variations and chromosomal abnormalities
Établissements canadiensHotel Dieu Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAutism spectrum disorderGene duplicationNeurocognitivePhenotypeGenetic counselingGenotype-phenotype distinctionGenotypeSpeech delayContext (archaeology)GeneticsClinical significanceAutismIntellectual disabilityMedicineBioinformaticsBiologyInternal medicinePsychiatryGeneCognition

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background The clinical significance of 16p13.11 duplications remains controversial while frequently detected in patients with developmental delay (DD), intellectual deficiency (ID) or autism spectrum disorder (ASD). Previously reported patients were not or poorly characterised. The absence of consensual recommendations leads to interpretation discrepancy and makes genetic counselling challenging. This study aims to decipher the genotype–phenotype correlations to improve genetic counselling and patients’ medical care. Methods We retrospectively analysed data from 16 013 patients referred to 12 genetic centers for DD, ID or ASD, and who had a chromosomal microarray analysis. The referring geneticists of patients for whom a 16p13.11 duplication was detected were asked to complete a questionnaire for detailed clinical and genetic data for the patients and their parents. Results Clinical features are mainly speech delay and learning disabilities followed by ASD. A significant risk of cardiovascular disease was noted. About 90% of the patients inherited the duplication from a parent. At least one out of four parents carrying the duplication displayed a similar phenotype to the propositus. Genotype–phenotype correlations show no impact of the size of the duplicated segment on the severity of the phenotype. However, NDE1 and miR-484 seem to have an essential role in the neurocognitive phenotype. Conclusion Our study shows that 16p13.11 microduplications are likely pathogenic when detected in the context of DD/ID/ASD and supports an essential role of NDE1 and miR-484 in the neurocognitive phenotype. Moreover, it suggests the need for cardiac evaluation and follow-up and a large study to evaluate the aortic disease risk.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,147
Score d'incertitude au seuil0,328

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,276 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations95
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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