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Applying polygenic risk scoring for psychiatric disorders to a large family with bipolar disorder and major depressive disorder
Simone de Jong, Mateus Jose Abdalla Diniz, Andiara Saloma, Ary Gadelha, Marcos Santoro, Vanessa Ota, Cristiano Noto, Naomi R. Wray, Stephan Ripke, Manuel Mattheisen, Maciej Trzaskowski, Enda M. Byrne, Abdel Abdellaoui, Mark J. Adams, Esben Agerbo, Tracy Air, Till F. M. Andlauer, Silviu‐Alin Bacanu, Marie Bækvad‐Hansen, Aartjan T.F. Beekman, Tim B. Bigdeli, Elisabeth B. Binder, Douglas Blackwood, Julien Bryois, Henriette N. Buttenschøn, Jonas Bybjerg‐Grauholm, Na Cai, Enrique Castelao, Jane Christensen, Toni‐Kim Clarke, Jonathan R. I. Coleman, Lucía Colodro‐Conde, Baptiste Couvy‐Duchesne, Nick Craddock, Gregory E. Crawford, Gail Davies, Ian J. Deary, Franziska Degenhardt, Eske M. Derks, Neşe Direk, Conor V. Dolan, Erin C. Dunn, Thalia C. Eley, Valentina Escott‐Price, Farnush Farhadi Hassan Kiadeh, Hilary K. Finucane, Andreas J. Forstner, Josef Frank, Héléna A. Gaspar, Michael Gill, Fernando S. Goes, Scott D. Gordon, Jakob Grove, Christine Søholm Hansen, Thomas Folkmann Hansen, Stefan Herms, Ian B. Hickie, Per Hoffmann, Georg Homuth, Carsten Horn, Jouke‐Jan Hottenga, David M. Hougaard, Marcus Ising, Ian Jones, Lisa Jones, Eric Jorgenson, James A. Knowles, Isaac S. Kohane, Julia Kraft, Warren W. Kretzschmar, Jesper Krogh, Zoltán Kutalik, Yihan Li, Penelope A. Lind, Donald J. MacIntyre, Dean F. MacKinnon, Robert Maier, Wolfgang Maier, Jonathan Marchini, Hamdi Mbarek, Patrick J. McGrath, Peter McGuffin, Sarah E. Medland, Divya Mehta, Christel M. Middeldorp, Evelin Mihailov, Yuri Milaneschi, Lili Milani, Francis M. Mondimore, Grant W. Montgomery, Sara Mostafavi, Niamh Mullins, Matthias Nauck, Bernard Ng, Michel G. Nivard, Dale R. Nyholt, Högni Óskarsson, Michael J. Owen, Jodie N. Painter, Carsten Bøcker Pedersen, Marianne Giørtz Pedersen, Roseann E. Peterson, Erik Pettersson, Wouter J. Peyrot, Giorgio Pistis, Daniëlle Posthuma, Jorge A. Quiroz, Per Qvist, John P. Rice, Brien P. Riley, Margarita Rivera, Saira Saeed Mirza, Robert A. Schoevers, Eva C. Schulte, Ling Shen, Stanley I. Shyn, Engilbert Sigurðsson, Grant Sinnamon, Johannes H. Smit, Daniel J. Smıth, Hreinn Stefánsson, Stacy Steinberg, Fabian Streit, Jana Strohmaier, Katherine E. Tansey, Henning Teismann, Alexander Teumer, Wesley K. Thompson, Pippa A. Thomson, Thorgeir E. Thorgeirsson, Matthew Traylor, Jens Treutlein, Vassily Trubetskoy, André G. Uitterlinden, Daniel Umbricht, Sandra Van der Auwera, Albert M. van Hemert, Alexander Viktorin, Peter M. Visscher, Yunpeng Wang, Bradley T. Webb, Shantel Weinsheimer, Jürgen Wellmann, Gonneke Willemsen, Stephanie H. Witt, Yang Wu, Hualin Simon Xi, Jian Yang, Futao Zhang, Volker Arolt, Bernhard T. Baune, Dorret I. Boomsma, Sven Cichon, Udo Dannlowski, Eco J. C. de Geus, J. Raymond DePaulo, Enrico Domenici, Katharina Domschke, Tõnu Esko, Hans J. Grabe, Steven P. Hamilton, Caroline Hayward, Andrew C. Heath, Kenneth S. Kendler, Stefan Kloiber, Glyn Lewis, Qingqin S. Li, Susanne Lucae, Pamela A. F. Madden, Patrik K. E. Magnusson, Nicholas G. Martin, Andrew M. McIntosh, Andres Metspalu, Ole Mors, Preben Bo Mortensen, Bertram Müller‐Myhsok, Merete Nordentoft, Markus M. Nöthen, Michael O‘Donovan, Sara A. Paciga, Nancy L. Pedersen, Brenda W.J.H. Penninx, Roy H. Perlis, David J. Porteous, James B. Potash, Martin Preisig, Marcella Rietschel, Catherine Schaefer, Thomas G. Schulze, Jordan W. Smoller, Henning Tiemeier, Rudolf Uher, Henry Völzke, Myrna M. Weissman, Thomas Werge, Cathryn M. Lewis, Douglas F. Levinson, Anders D. Børglum, Patrick F. Sullivan, Sandra Meier, John S. Strauss, Wei Xu, John B. Vincent, K. Matthews, Manuel A. R. Ferreira, Colm O’Dushlaine, Shaun Purcell, Soumya Raychaudhuri, Douglas M. Ruderfer, Pamela Sklar, Laura J. Scott, Matthew Flickinger, Margit Burmeister, Jun Z. Li, Weihua Guan, Devin Absher, Robert C. Thompson, Fan Guo Meng, Alan F. Schatzberg, William E. Bunney, Jack D. Barchas, Stanley J. Watson, R Myers, Huda Akil, Michael Boehnke, Kimberly Chambert, Jennifer L. Moran, Edward M. Scolnick, Srdjan Djurovic, Ingrid Melle, Gunnar Morken, Aiden Corvin, Adebayo Anjorin, Radhika Kandaswamy, Jacob Lawrence, Alan McLean, Ben Pickard, Sarah E. Bergen, Vishwajit L. Nimgaonkar, Mikael Landén, Martin Schalling, Urban Ösby, Lena Backlund, Louise Frisén, Niklas Långström, Eli Stahl, Amanda Dobbyn, Stéphane Jamain, Bruno Étain, Frank Bellivier, Markus Leber, Anna Maaser, Sascha B. Fischer, Céline S. Reinbold, Sarah Kittel‐Schneider, Janice M. Fullerton, Lilijana Oruč, Fermín Mayoral, Fabio Rivas, Piotr M. Czerski, Jutta Kammerer-Ciernioch, Helmut Vedder, Margitta Borrmann-Hassenbach, Andrea Pfennig, Paul Brennan, James McKay, Manolis Kogevinas, Markus Schwarz, Peter R. Schofield, Thomas W. Mühleisen, Johannes Schumacher, Michael Bauer, A. Jordan Wright, Philip B. Mitchell, Martin Hautzinger, John R. Kelsoe, Tiffany A. Greenwood, Caroline M. Nievergelt, Paul D. Shilling, Erin N. Smith, Cinnamon S. Bloss, Howard J. Edenberg, Daniel L. Koller, Elliot S. Gershon, Chunyu Liu, Judith A. Badner, William A. Scheftner, William Lawson, Evaristus Nwulia, Maria Hipolito, William Coryell, William Byerley, Francis J. McMahon, Falk W. Lohoff, Peter P. Zandi, Pamela B. Mahon, Melvin G. McInnis, Sebastian Zöllner, Peng Zhang, Szabolcs Szelinger, David St Clair, Sian Caesar, Katherine Gordon‐Smith, Christine Fraser, Elaine Green, Detelina Grozeva, Marian L. Hamshere, George Kirov, Ivan Nikolov, David Collier, Amanda Elkin, Richard Williamson, Allan H. Young, I. Nicol Ferrier, Vihra Milanova, Martin Alda, Pablo Cervantes, Cristiana Cruceanu, Guy A. Rouleau, Gustavo Turecki, Ashley R. Winslow, Maria Grigoroiu‐Serbânescu, Roel A. Ophoff, Rolf Adolfsson, Annelie Nordin Adolfsson, Jurgen Del‐Favero, Carlos N. Pato, Joanna M. Biernacka, Mark A. Frye, Derek W. Morris, Nicholas J. Schork, Andreas Reif, Jolanta Lissowska, Joanna Hauser, Neonila Szeszenia‐Dąbrowska, Kevin A. McGhee, Emma M. Quinn, Valentina Moskvina, Peter Holmans, Anne Farmer, James L. Kennedy, Ole A. Andreassen, Morten Mattingsdal, Nicholas Bass, Hugh Gurling, Andrew McQuillin, René Breuer, Christina M. Hultman, Paul Lichtenstein, Laura M. Huckins, Marion Leboyer, Mark Lathrop, John I. Nürnberger, Michael Steffens, Tatiana Foroud, Wade H. Berrettini, David W. Craig, Jianxin Shi, Charles Curtis, Stephen Newhouse, Hamel Patel, Lynsey S. Hall, Paul F. O’Reilly, Síntia Belangero, Rodrigo A. Bressan, Gerome Breen
Notice bibliographique
RevueCommunications Biology · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensMcGill UniversityMcGill University Health CentrePrincess Margaret Cancer CentreMontreal Neurological Institute and HospitalDalhousie UniversityUniversity of TorontoCentre for Addiction and Mental HealthMcGill University and Génome Québec Innovation CentrePublic Health OntarioUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCilagFP7 People: Marie-Curie ActionsEconomic and Social Research CouncilNational Institute for Health and Care ResearchDaiichi-SankyoFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloBritish Heart FoundationUniversity College LondonLundbeckfondenCancer Research UKWellcome TrustMedical Research CouncilNational Institute of Mental HealthNational Institute for Social Care and Health ResearchEngineering and Physical Sciences Research CouncilEli Lilly and Company
Mots-clésBipolar disorderAnticipation (artificial intelligence)Assortative matingPedigree chartPolygenic risk scoreMajor depressive disorderPsychiatryMood disordersPsychologyMoodClinical psychologyMedicineGeneticsBiologyMatingGenotypeSingle-nucleotide polymorphism
Résumé
Abstract Psychiatric disorders are thought to have a complex genetic pathology consisting of interplay of common and rare variation. Traditionally, pedigrees are used to shed light on the latter only, while here we discuss the application of polygenic risk scores to also highlight patterns of common genetic risk. We analyze polygenic risk scores for psychiatric disorders in a large pedigree ( n ~ 260) in which 30% of family members suffer from major depressive disorder or bipolar disorder. Studying patterns of assortative mating and anticipation, it appears increased polygenic risk is contributed by affected individuals who married into the family, resulting in an increasing genetic risk over generations. This may explain the observation of anticipation in mood disorders, whereby onset is earlier and the severity increases over the generations of a family. Joint analyses of rare and common variation may be a powerful way to understand the familial genetics of psychiatric disorders.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,021
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,293
Écart entre enseignants0,281 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations25
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui