Reconstructing the phylogeny of new world monkeys (platyrrhini): evidence from multiple non-coding loci
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Notice bibliographique
Résumé
) comprise 3 families and 7 subfamilies, which radiated within a relatively short time period. Accordingly, their phylogenetic relationships are still largely disputed. In the present study, 56 nuclear non-coding loci, including 33 introns (INs) and 23 intergenic regions (IGs), from 20 NWM individuals representing 18 species were used to investigate phylogenetic relationships among families and subfamilies. Of the 56 loci, 43 have not been used in previous NWM phylogenetics. We applied concatenation and coalescence tree-inference methods, and a recently proposed question-specific approach to address NWM phylogeny. Our results indicate incongruence between concatenation and coalescence methods for the IN and IG datasets. However, a consensus was reached with a single tree topology from all analyses of combined INs and IGs as well as all analyses of question-specific loci using both concatenation and coalescence methods, albeit with varying degrees of statistical support. In detail, our results indicated the sister-group relationships between the families Atelidae and Pitheciidae, and between the subfamilies Aotinae and Callithrichinae among Cebidae. Our study provides insights into the disputed phylogenetic relationships among NWM families and subfamilies from the perspective of multiple non-coding loci and various tree-inference approaches. However, the present phylogenetic framework needs further evaluation by adding more independent sequence data and a deeper taxonomic sampling. Overall, our work has important implications for phylogenetic studies dealing with rapid radiations.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle