LC3B is not recruited along with the autophagy elongation complex (ATG5-12/16L1) at HCV replication site and is dispensable for viral replication
Notice bibliographique
Résumé
Hepatitis C virus (HCV) infection is known to induce autophagosome accumulation as observed by the typical punctate cytoplasmic distribution of LC3B-II in infected cells. Previously, we showed that viral RNA-dependent RNA polymerase (NS5B) interacts with ATG5, a major component of the autophagy elongation complex that is involved in the formation of double-membrane vesicles (DMV), and demonstrated that the autophagy elongation complex (ATG5-12/16L1) but not LC3B is required for proper membranous web formation. In this study, the colocalization and in situ interaction of all HCV replicase components with the constituent of the autophagy elongation complex and LC3B were analyzed. The results clearly show the recruitment of the elongation complex to the site of viral replication. Using in situ proximity ligation assay, we show that ATG5, but not ATG16L1, interacts with several HCV replicase components suggesting that the recruitment is directed via the ATG5-12 conjugate. Interestingly, no E3-like conjugation activity of ATG5-12/16L1 can be detected at the at HCV replication site since LC3B-II is not found along with the elongation complex at the site of viral replication. In agreement with this result, no sign of in situ interaction of LC3B with the replicase components is observed. Finally, using dominant negative forms of ATG proteins, we demonstrate that ATG5-12 conjugate, but not LC3-II formation, is critical for viral replication. Altogether, these findings suggest that although HCV needs the elongation complex for its replication, it has developed a mechanism to avoid canonical LC3-II accumulation at viral replication site.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».