DNA entombed in archival seashells reveals low historical mitochondrial genetic diversity of endangered white abalone Haliotis sorenseni
Notice bibliographique
Résumé
In this study we used decades-old shells of the endangered Northeast Pacific white abalone Haliotis sorenseni to produce high-quality DNA sequences for identification and historical diversity analysis. We obtained mitochondrial (mt) and nuclear DNA sequences (cytochrome c oxidase subunit I and histone H3 respectively) from shells with collection dates bracketing a period of population decline due to overexploitation, from throughout the species’ range. Illustrating the potential of shell DNA for forensic and conservation studies, we found two cases of misidentification among archival shell specimens. Diversity at the mitochondrial marker was lower in H. sorenseni throughout the 20th century than levels recently observed in two sympatric species that also suffered declines. The cause of comparatively low mtDNA diversity in white abalone is unclear; however, it cannot be exclusively linked to exploitation. DNA entombed in shells allowed us to directly establish historical genetic baselines for restoration of this endangered species. Vast repositories of shells exist in museum, aquaculture and private collections; the DNA contained within may be broadly investigated for studies of evolution, archaeology and conservation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».